В словах о различной ширине и толщине колебаний можно увидеть гениальное предвидение идеи о длине волн. Дальше Ньютон пишет: «Колебания, вызывающие синий и фиолетовый цвета, короче тех, которые вызывают красный или желтый; поэтому они и должны отражаться при меньшей толщине пленки.»
За вежливой формой письма кроется и определенная твердость. Ньютон показывает, что его выводы все-таки предпочтительней и призывает оппонента согласиться с его правотой: «Мне кажется, что все это — ясные, первоначальные и необходимые следствия гипотезы, и они столь хорошо согласуются с моей теорией, что если мой противник считает их верными, то он не должен бояться крушения своей гипотезы.
Надо сказать, что в то время доводы Ньютона были убедительнее. Например, говоря о том, что волны распространяются по прямым линиям, он, естественно, не имел представления о теории дифракции, появившейся почти через 150 лет.
Однако вскоре к полемике присоединились многие другие ученые. И большинство из них выступало на стороне Гука. Например, к партии «волновиков» принадлежал такой известный ученый, как Гюйгенс. Но появились сторонники и у Ньютона. Его соавтор по изобретению зеркального телескопа Грегори писал в одном из писем: «Я был крайне поражен опытами мистера Ньютона; они, по всей видимости, вызовут великие перемены во всей системе натуральной философии, если только факты верны, в чем я не сомневаюсь».
Но в общем суммарный вес авторитета сторонников волновой теории был гораздо выше, чем у их оппонентов. Между тем Ньютон продолжал настаивать на том, что он прежде всего изучал свойства света и только потом делал выводы о его происхождении. Но в то же время он не отказывался от этих выводов, продолжая настаивать на ошибочности точки зрения его оппонентов, и в этом вполне преуспел. Доводы Ньютона выглядели гораздо сильнее аргументов его противников. В будущем к силе этих доводов прибавился и научный авторитет ученого. Это впоследствии, в XVIII веке, снискало Ньютону недобрую славу сторонника неверной теории света, так как опыты по изучению интерференции, казалось бы, полностью подтвердили и волновую теорию. И только на рубеже XIX–XX веков, после открытия квантов, и тот и другой взгляд объединились в корпускулярно-волновую теорию света.
Полемика приобретала все более напряженный характер. Ее масштабы и тон начали сильно тяготить Ньютона. Он был очень подавлен и раздражен. Весной 1673 года ученый написал Ольденбургу, секретарю Лондонского Королевского общества, о своем желании выйти из состава Общества. К счастью, секретарь уговорил Ньютона не делать этого. Но уже летом ученый опять писал Ольденбургу. На сей раз он заявлял, что вообще отказывается от занятий естественными науками и не намерен более принимать участие в научной переписке.
В этот период в жизни ученого произошло еще одно разочарование. Он попытался занять кафедру гражданского права в Тринити-колледже. По всей видимости, на такой шаг Ньютона вынудили правила членства в колледже. Но поскольку его предыдущая деятельность была мало связна с юриспруденцией, администрация колледжа отдала предпочтение другому кандидату. Возможно, не только полемика, но и неопределенное положение в Кембридже стало причиной угнетенности Ньютона.
О его научной и преподавательской деятельности в этот период времени известно немного. Конечно же, он продолжал читать лекции по оптике, кроме того, преподавал географию и даже составил собственные дополнения к существующему пособию по этому предмету, а также к переводному пособию по математике.
Но отказаться от участия в полемике и тем более от исследований Ньютон не смог. Все это время он продолжал работать. Осенью 1675 года ученый закончил и отправил в Королевское общество еще один труд по оптике: «Теория света и цветов, заключающая гипотезу объяснения свойств света, изложенных автором в предыдущих мемуарах, а также описание наиболее существенных явлений различных цветов тонких пластин и мыльных пузырей, равным образом зависящих от ранее характеризованных свойств света».