Михал Огиньский был ярым сторонником конституции 3 мая, и после крушения надежд, связанных с ней, он покинул страну. Его многочисленные имения в Литве и Белоруссии были конфискованы, что заставило его ехать в Петербург для снятия секвестра со своего имущества. В Петербурге ему удалось все возвратить под обязательство службы польскому правительству на основаниях Тарговицкой конфедерации. С этим пришлось согласиться.
Но как только в Польше началась национально-освободительная борьба, вылившаяся в вооруженное восстание, Огиньский стал ее самым активным участником. Поводом к началу вооруженной борьбы послужил отказ правительству конфедератов сократить численность польской армии. Первой выступила кавалерийская бригада генерала Мадалинского, располагавшаяся в Остроленке. Далее восстание перекинулось в Краков и Варшаву. Борьбу за независимость Польши возглавил Тадеуш Костюшко.
В ночь с 23 на 24 апреля началось восстание в Вильно, где в то время находился и Огиньский. Михал Клеофас объявил Национальному совету, что «приносит в дар Родине свое имущество, труд и жизнь». Передав значительную часть личных средств, он вошел в состав Национального совета в качестве депутата от Вильно. Свои письма и документы он стал скреплять печатью, на которой древний княжеский герб был заменен щитом с девизом «Свобода, постоянство, независимость».
На собственные средства Огиньский сформировал конный егерский полк и стал его командиром. Во главе полка он принял участие в нескольких сражениях и заслужил благодарность революционного правительства. В то же время им было написано несколько революционных песен и маршей. Позднее, в «Письмах о музыке» он писал: «Я сочинил марш для моего отряда стрелков со словами, и с тех пор этот марш исполнялся во многих полках. Я писал также военные и патриотические песни, которые пользовались большим успехом, так как возбуждали храбрость, энергию и энтузиазм моих товарищей по оружию». Предположительно, именно Огиньский был автором музыки боевой песни «Еще Польша не погибла», ставшая национальным гимном страны.
Восстание 1794 года было подавлено. Костюшко попал в плен, многие повстанцы погибли в сражениях, другие сдались преследовавшей их русской армии. Огиньский с группой патриотов сумел добраться до Вены, а в середине декабря 1794 года он перебрался в Венецию, где находилась значительная часть польских эмигрантов.
Встав во главе тех, кто желал продолжить борьбу за независимость Польши, Огиньский начал искать союзников. Он наладил связь с польским эмиграционным центром в Париже, поддерживал контакты с Варшавой, искал и встречался с теми, кто был враждебно настроен к России.
Огиньский побывал во многих итальянских городах – Риме, Падуе, Флоренции, и везде налаживал контакты с польскими эмигрантами. Центр польских повстанческих сил находился в Париже. Вскоре было принято решение о создании в некоторых крупных городах сети тайных агентов, и Михал Клеофас в качестве такого агента был направлен центром в Турцию. В Константинополе он провел более полугода. Он вел переговоры с властями, надеясь на то, что Турция начнет войну с Россией и Австрией, что поможет Польше снова стать свободной, но убедился, что никакой надежды на успех нет.
В самой Польше к тому времени возникли внутренние разногласия, и Огиньский был туда направлен центром. Живя на родине под вымышленным именем (он выдавал себя за композитора Рачиньского), Михал Клеофас посетил Львов и Краков и провел переговоры от имени комитета итальянских патриотов. В феврале 1797 года он прибыл в Париж, где вошел в состав группы «Польской депутации», ведущей переговоры с революционным правительством Франции.
Огиньский искренне верил в успех освободительного движения. Польские легионеры с гордостью носили трехцветную французскую кокарду с надписью «Свободные люди – братья». Но мечтам патриотов, в том числе и Огиньского, не суждено было сбыться. Уже в октябре 1797 года был заключен мир между Францией и Австрией, и легионеры вернулись в Италию.
Весть о кончине императрицы Екатерины II, об освобождении Костюшко и помиловании Павлом I польских эмигрантов привела многих бывших легионеров на русскую службу, но многие остались за границей. Огиньский тоже обратился к новому императору с просьбой о возвращении на родину, но дважды получал отказ. Вернуться ему удалось лишь при воцарении Александра I.
В 1802 году он поселился в одном из своих поместий недалеко от Вильно. Здесь он был избран почетным членом Виленского университета и вошел в состав его совета.
Александр I благосклонно отнесся к Огиньскому, вернул ему значительную часть имений, назначил сенатором Российской империи и присвоил ему чин тайного советника. Он много беседовал с Огиньским о возрождении Польши, и тот снова поверил императору.