Хенрик Гольдшмит родился 22 июля 1878 или 1879 года в Варшаве, в интеллигентной, обеспеченной семье ассимилированных евреев. (Почему-то ребенку родители несколько лет не оформляли метрику, так что дата рождения Хенрика в известной мере условна.) В красивой большой квартире, где работала прислуга, царил дух космополитизма, утонченной польской культуры. Отец мальчика был известным адвокатом, человеком умным, но довольно вспыльчивым. В детстве Хенрик часто слышал от строгого родителя такие прозвища, как «растяпа», «олух», а то и «осел», «идиот». Зато бабушка будущего писателя верила в талант внука и называла его философом. Как писал много лет спустя сам Корчак: «Они оба были правы. Поровну. Пятьдесят на пятьдесят».
Долгое время Хенрик считал себя поляком (родители старательно обходили в разговорах все, связанное с евреями; мальчик не знал другого языка, кроме польского). Только в пятилетнем возрасте он случайно услышал о своем еврействе от служанки. Позднее сын дворника, католик, сообщил приятелю, что ему уготовано место в раю, а вот Хенрику придется в свое время отправиться не в ад, конечно, но в место, где царит мрак. Это представление о темном еврейском рае в течение десятилетий оставалось одним из наиболее сильных переживаний Гольдшмита. Со временем связь с народом, к которому он принадлежал по крови, усилилась. Наконец, известный писатель и педагог сознательно и добровольно, по велению совести, выбрал именно еврейскую судьбу, хотя не знал ни идиша, ни иврита, никогда не читал Тору и не посещал синагогу…
В детстве будущего писателя всячески оберегали. С невеселой прозой жизни он столкнулся только в 11 лет. Тогда семью постигло страшное несчастье: отец мальчика, талантливейший человек, безнадежно заболел. У адвоката стало стремительно развиваться психическое заболевание… Душевнобольного поместили в клинику, однако когда-либо выйти из нее у Гольдшмита-старшего шансов не было. Семь лет, до смерти отца, Хенрик прожил в постоянном напряжении, боясь, что он может унаследовать тяжелую болезнь. К тому же семья быстро обеднела. Пришлось распустить прислугу, распрощаться с богатой квартирой и перебраться в очень бедный район. Еще в школе Хенрик начал заниматься репетиторством, чтобы содержать мать и сестру. Правда, мать будущего писателя тоже рано ушла из жизни: ухаживая за сыном, болевшим тифом, она заразилась и вскоре умерла.
Решив стать врачом, Хенрик после окончания школы, в 1898 году, поступил на медицинский факультет Варшавского университета. Параллельно с учебой он преподавал на тайных курсах, запрещенных царской администрацией, работал в бесплатной читальне для бедных, преподавал в школе. За участие в студенческих демонстрациях был арестован, но быстро отпущен на свободу. В 1903 году Гольдшмит получил диплом врача.
В 1898 году Хенрик впервые попробовал свои силы в поэзии, публицистике и художественной прозе. В качестве псевдонима он взял имя одного из персонажей известного польского писателя Ю. И. Крашевского. Но Януш Корчак продолжал оставаться только литератором – свои медицинские труды врач по-прежнему подписывал настоящим именем.
Как российский подданный, Гольдшмит был мобилизован на Русско-Японскую войну (1904–1905) в качестве военного врача. На фронт он ушел из детской больницы для бедных (где проработал в общей сложности восемь лет). После окончания войны Хенрик не сразу вернулся домой; некоторое время он практиковался в известных клиниках Берлина, Лондона и Парижа.
В 29 лет молодой врач принял решение не заводить собственную семью, посвятив себя своим маленьким пациентам. А в 30 он снова пришел работать в варшавскую больницу. Вскоре о Гольдшмите заговорили, как об известном специалисте, великолепном диагносте, чьи гонорары высоки, но результат лечения превышает ожидания и надежды. Но что касается гонораров, то дело здесь обстояло не совсем так. Да, врач и писатель действительно получал от богатых пациентов приличные суммы, но детей бедняков всегда лечил даром, отказываясь брать хотя бы мелочь.
В 1908 году Гольдшмит стал членом правления благотворительной еврейской организации «Помощь сиротам» и душой сиротского приюта. Стараниями врача этот приют за пару лет превратился в солидное учреждение.