Вскоре оперу стали давать с произвольными сокращениями, а в 1882 г. вообще сняли с репертуара. «Ходили слухи, — писал Римский-Корсаков, — что опера не нравилась царской фамилии; болтали, что сюжет ее неприятен цензуре». «Борис Годунов» был возобновлен в Петербурге много лет спустя (1896) на сцене Большого зала Консерватории в редакции и инструментовке Римского-Корсакова. С этого времени началось триумфальное шествие «Бориса Годунова» по сценам театров мира. В 1928 г. в Ленинграде была возрождена подлинная авторская редакция, а в 1959 г, опера поставлена в инструментовке Шостаковича.
Во дворе Новодевичьего монастыря пристав угрозами заставляет собравшийся народ просить боярина Бориса Годунова принять царский венец. Борис упорно отказывается от престола. Об этом сообщает народу думный дьяк Щелканов. Проходят калики перехожие, ратующие за избрание Бориса. Пристав оглашает указ бояр — завтра все должны быть в Кремле и ждать там приказаний.
На следующее утро народ, собравшийся перед Успенским собором, покорно славит Бориса, согласившегося венчаться на царство. Но торжество не радует государя — тягостные предчувствия терзают его.
В келье Чудова монастыря старик-отшельник Пимен пишет правдивую летопись о Борисе, повинном в гибели законного наследника престола — царевича Димитрия. Подробностями убийства заинтересовался молодой инок Григорий Отрепьев. С волнением он узнает, что Царевич был его ровесником, и принимает дерзкое решение: назваться Димитрием и вступить в борьбу с Борисом.
Григорий появляется в корчме на литовской границе вместе со случайными попутчиками — беглыми монахами Варлаамом и Мисаилом. Входят пристава: они разыскивают Гришку Отрепьева. Читая царский указ, Гришка называет приметы Варлаама. Мнимого преступника схватывают, но обман обнаруживается, и Самозванцу приходится бежать.
Царский терем в Кремле. Борис утешает дочь Ксению, горюющую об умершем женихе. И в семье, и в государственных делах нет царю удачи. Тщетны его старания заслужить любовь народа, мучительны воспоминания о совершенном преступлении. Князь Василий Шуйский, хитрый и коварный царедворец, приносит известие о появлении в Литве Самозванца, назвавшегося именем Димитрия, которого поддерживают король и паны. Борис в смятении. Он сурово допрашивает Шуйского — свидетеля смерти Димитрия — действительно ли погиб царевич? Однако послушать рассказ Борис не в силах: ему мерещится призрак убитого младенца.
Девушки развлекают песнями скучающую в Сандомирском замке Марину Мнишек. Честолюбивая полька, мечтающая занять престол московских царей, хочет пленить Самозванца. В интересах католической церкви этого требует от нее и иезуит Рангони.
Вместе с толпой веселящихся панов Марина выходит из замка в сад. Здесь ее поджидает Самозванец. Хитростью и лаской Марина разжигает его любовь. Она будет принадлежать ему, когда он во главе польского войска овладеет Москвой и станет властелином Руси.
Площадь перед собором Василия Блаженного. Народ жадно ловит слухи о приближении Самозванца. Он верит, что Димитрий жив и спасет от произвола Бориса. Начинается царское шествие. Голодный люд протягивает руки с отчаянной мольбой: «Хлеба!». Юродивый бросает в лицо самодержца тяжкое обвинение: он просит Бориса зарезать обидевших его мальчишек, как он зарезал маленького царевича.
В Грановитой палате Кремля собралась боярская дума. Все взволнованы вестью о Самозванце. Запоздавший Шуйский рассказывает о тайных страданиях Бориса. Неожиданно перед взорами бояр предстает сам царь, в страхе отгоняющий от себя призрак ребенка. Муки Бориса достигают предела, когда намеренно приведенный Шуйским летописец Пимен повествует о чудесном исцелении слепого, помолившегося над могилкой Димитрия. Царь не выдерживает и падает без чувств. Очнувшись, он зовет сына Федора и, едва успев произнести последние слова напутствия и провозгласить его царем, умирает.
На лесной прогалине, близ селения Кромы, народ глумится над Борисовым воеводой, расправляется с попавшимися под руку иезуитами. Варлаам и Мисаил подстрекают взбунтовавшийся народ, рассказывая о пытках и казнях на Руси. Ярким пламенем разгорается восстание. Появляется Самозванец, все радостно приветствуют его. Но Юродивый предрекает народу новые невзгоды.
«Борис Годунов» — народная музыкальная драма, многогранная картина эпохи, поражающая шекспировским размахом, смелостью контрастов. Действующие лица обрисованы с удивительной яркостью и психологической проницательностью. В музыке с потрясающей силой раскрыта трагедия одиночества и обреченности царя, новаторски воплощен мятежный, бунтарский дух русского народа.
