Неподалеку от Медицинского сада, напротив нынешней улицы Льва Толстого, на острове с 1732 г. было место для выпаса скота и лошадей с подворья епископа Феофана Прокоповича. Сам епископ любил прогуливаться по Медицинскому саду. Остальная, большая часть Аптекарского острова была покрыта еловым лесом.
Посетивший в царствование императрицы Анны Иоанновны Петербург датский путешественник Педер фон Хавен писал: «Особенность этого Аптекарского острова и сада, наряду с местоположением, такова, что на протяжении всего лета это самое приятное и веселое место во всем Петербурге. Посему туда ежедневно плавают на судах развлекаться прогулками многие из знати».
Впрочем, называть это место «веселым» можно с большой натяжкой. Тот же Хавен далее писал:
«Одно из мест, где в Петербурге производится казнь, тоже находится на Аптекарском острове… Преступника обычно сопровождает к месту казни капрал с пятью-шестью солдатами, священник с двумя маленькими одетыми в белое мальчиками, несущими по кадилу, а также лишь несколько старых женщин и детей, желающие поглядеть на сие действо… Как только пришедший с ними судебный чиновник зачтет приговор, священник осеняет осужденного крестом, осужденный сам тоже несколько раз крестится со словами „Господи, помилуй“, и затем несчастный грешник предает себя в руки палача и так радостно идет навстречу смерти, словно бы на великий праздник. Палач, являющийся в сем действе главной персоной, часто исполняет свои обязанности очень неторопливо и жалостливо, как плохая кухонная девушка режет теленка. Вообще же достойно величайшего удивления то, что, как говорят, никогда не слыхали и не видали, чтобы русский человек перед смертью обнаруживал тревогу и печаль. Это, без сомнения, отчасти объясняется их верой в земное предопределение и его неизбежность, а отчасти – твердым убеждением, что все русские обретут блаженство, и, наконец, отчасти великими тяготами, в которых они живут в сем мире».
В 1735 г. Медицинский сад возглавил приглашенный немецкий ботаник и врач И. Сигизбек. С этого времени здесь занимались научными исследованиями, а также подготовкой и переподготовкой фармацевтов. Был издан каталог растений Медицинского сада, в который включили 1275 видов произраставших здесь растений. Но главной задачей сада осталось производство лекарств. Для расширения их ассортимента на острове попытались создать заячий питомник. В то время считалось, что лодыжки и сало этих животных обладают необычайными лечебными свойствами. Специальным указом крестьянам Псковской, Новгородской и Петербургской губерний повелевалось поставлять на Аптекарский остров живых зайцев. Затея эта успеха не имела, так как местные жители нещадно истребляли «косых», а при наступлении морозов зайцы разбегались с острова.
В царствование Елизаветы Петровны ботанические научные исследования в Медицинском саду были прекращены. Сигизбека уволили, а сад возглавил провизор или садовник. Помимо изготовления лекарств они выращивали «курьезные и красивоцветущие» растения, а также свежие фрукты и плоды южных стран для царского стола.
В 1765 г. директором Медицинского сада назначили ботаника И. Фалька. Главной задачей сада осталось изготовление лекарственных препаратов, в том числе спирта. В то же время в саду появилось Ботаническое отделение, где проводились занятия по ботанике со студентами Хирургического училища.
В 1823 г. сад преобразовали в Императорский Ботанический сад, а в 1830 г. подчинили Министерству Императорского двора. С этого времени сад утратил свои фармакологические функции и начал превращение в научно-исследовательский центр. Он получил те границы, в которых существует и по настоящее время.
