До войны дивизия дислоцировалась в самом городе Алитусе, но 19 июня ее командование получило шифротелеграмму от Военного совета округа о подготовке личного состава и матчасти к выступлению. Комдивом было проведено совещание с командирами и замполитами частей, на котором они получили указания о подготовке к длительному маршу и возможной встрече с противником. Соединение было поднято по тревоге, покинуло места постоянной дислокации и укрылось в лесных массивах. В военных городках (их было два — северный и южный) остались некоторые хозяйственные службы и неисправная техника, которой в дивизии тоже хватало. Только средних танков Т-28, законсервированных из-за изношенности и отсутствия запчастей, было 33 единицы (Г. В. Ушаков, правда, пишет о том, что небоеспособными являлись 27 машин). Одни подразделения находились в нескольких километрах южнее Алитуса на берегу Немана, другие — в лесу на восточной окраине города. 5-й мотострелковый полк находился севернее Алитуса, также в лесу. 5-й гаубичный артполк дивизии еще весной убыл в летние лагеря под г. Ораны. В Оранских лагерях под соответствующим «присмотром» располагались части 29-го территориального стрелкового корпуса, развернутого на основе пехотных дивизий и других частей ликвидированной армии независимой Литвы: управление корпуса, 615-й корпусной артполк и 184-я стрелковая дивизия. Находился там также 429-й ГАП РГК. Вторая дивизия корпуса, 179-я, находилась в лагере к северо-востоку от Вильнюса. Первоначально 184-й дивизией командовал генерал-майор В. Карвялис, в мае 1941 г. его заменил полковник М. В. Виноградов. В 70-80-х годах прошлого века среди интересующихся историей Великой Отечественной войны бродили упорные слухи о том, что в июне 41-го года литовцы отказались защищать свою землю от германских войск, подняли мятеж и, перебив советских офицеров, поставленных над ними, разбежались по домам. В наши дни выяснилось, что слухи эти возникли совсем не на пустом месте. Несмотря на замену на всех ключевых должностях литовских офицеров советскими, части 29-го ТСК были ненадежными и небоеспособными, за исключением некоторых подразделений, укомплектованных выходцами из бедных рабочих и крестьянских семей. Давно не секрет, что накануне войны органы НКВД — НКГБ устроили массовую «зачистку» в Прибалтике: 14 июня был арестован или депортирован за пределы республики 15 851 житель Литвы. Не миновала эта участь и офицеров 29-го корпуса, его руководство полностью было заменено. Командир корпуса генерал-лейтенант В. Виткаускас «уступил» свой пост генерал-майору А. Г. Самохину, начальник штаба генерал-майор Н. Чернюс — полковнику П. Н. Тишенко. Также были освобождены от должностей: начальник артиллерии корпуса бригадный генерал В. Жилис, командир 179-й СД генерал-майор А. Чепас, начальник штаба и начальник артиллерии 179-й СД полковник Л. Густаитис и бригадный генерал И. Иодишюс. Большинство офицеров-литовцев было арестовано и осуждено к расстрелу или длительным срокам заключения, в целом в 29-м ТСК было арестовано 285 человек. Начальником же 3-го отдела корпуса был и остался литовец полковник (впоследствии генерал-майор внутренней службы, министр внутренних дел Литовской ССР) Ю. М. Барташюнас. До сих пор литовцы ежатся при упоминании его фамилии.
Уже в первые часы войны в дивизиях 29-го ТСК началось массовое дезертирство и переход на сторону противника военнослужащих-литовцев со всеми сопутствующими такого рода событиям эксцессами: убийствами командиров и политработников, преднамеренным оставлением или выводом из строя матчасти, стрельбой «в спину» кадровым частям Красной Армии. Фриц Бельке писал: «Литовцы, вооруженные русскими орудиями, с восторгом маршируют рядом с нашими колоннами. Население выносит в ведрах питьевую воду». Арестованный генерал армии Д. Г. Павлов показал на допросе: «25-го числа противник в направлении Вильно, по сведениям бежавших из Литвы, разгромил 5-ю механизированную дивизию, разбежалась национальная литовская дивизия, и механизированные части противника появились на правом фланге 21-го стрелкового корпуса». Анализируя причины поражения, в конце допроса генерал сказал о том, что «на левый фланг Кузнецовым (Прибалтийский военный округ) были поставлены литовские части, которые воевать не хотели. После первого нажима на левое крыло прибалтов литовские части перестреляли своих командиров и разбежались. Это дало возможность немецким танковым частям нанести мне удар с Вильнюса». Если бы литовцы только разбегались, это было бы еще полбеды. Многие подразделения 184-й и 179-й ТСД, где не желавшие служить Советской власти составляли большинство, ни в плен сдаваться, ни разбегаться по домам не стали, а при первой же возможности радостно поворачивали оружие против «красных оккупантов».
