Части 3-го авиакорпуса бомбили колонны танков группы Гота, продвигавшиеся на Ошмяны. В 96-м полку 42-й дивизии не вернулось пять экипажей: командиров звеньев В. И. Григорьева, Г. И. Краснощекова, П. А. Бобрышева, пилотов М. Е. Плугина и А. П. Колоярцева (все в званиях младших лейтенантов). Колонна, шедшая от Воложина на Молодечно, была атакована машинами И-15бис 215-го ШАП майора Рейно. Вероятно, после получения сообщения об избиении 53-го полка соседей командованием 3-го ДБАК было принято решение о нанесении «удара возмездия». В середине дня 207-й ДБАП двумя звеньями (это было все, что комполка Г. В. Титов после двух дней боев сумел поднять в воздух) совершил налет на аэродром Парубанек, было заявлено о выводе из строя около 40 истребителей Люфтваффе; потерь с нашей стороны не было. Также летчики 42-й ДБАД принесли плохую весть: было обнаружено скопление танков противника уже в 25–30 км северо-западнее Минска. Наблюдениями экипажей 212-го полка А. Е. Голованова и лично инспектора техники пилотирования корпуса майора О. Н. Боровкова информация была подтверждена, о чем было доложено в Генштаб и командованию ВВС фронта.
Ввод противником в бой в районе Каунаса двух свежих дивизий 2-го армейского корпуса резко осложнил ситуацию для 11-й армии, лишившейся к этому времени 128, 179 и 184-й стрелковых и 5-й танковой дивизий. Следовало отвести весьма уже избитый 16-й стрелковый корпус на рубеж реки Вилия (Нерис), чтобы закрепиться там, однако на заседании Военного совета фронта под нажимом представителя УПП РККА армейского комиссара 2 ранга В. Н. Борисова (о его «вкладе» в развитие событий в Прибалтике я уже писал) было принято прямо противоположное решение: 16-му корпусу перейти в наступление с целью вернуть Каунас. По получении приказа командира корпуса генерал-майора М. М. Иванова о наступлении, части 23-й дивизии начали выдвижение в район Свилайняй, Рудминяй, Ратуше, чтобы из него начать наступление вдоль шоссе Ионава — Каунас. Следом за 23-й должна была наступать 33-я СД, 5-й дивизии полковника Ф. П. Озерова предстояло атаковать Каунас с запада.
Во время развертывания дивизий 16-го корпуса противник сам перешел в наступление при поддержке авиации, занял Кармелаву и начал продвигаться на северо-восток в направлении Ионавы. Первым в соприкосновение с ним вошел 89-й стрелковый полк (командир — майор Н. Ф. Батюк, в недалеком будущем — герой обороны Сталинграда). Его батальоны с ходу перешли в контрнаступление, из-за правого фланга выдвинулся и также вступил в бой 117-й стрелковый полк (командир — майор И. П. Бушин). Неприятельский авангард был смят, понес большие потери и в беспорядке отступил. Перейдя к преследованию, 23-я СД освободила Кармелаву и подошла к северо-восточной окраине Каунаса. Вплотную к восточной окраине удалось прорваться 5-й стрелковой дивизии. Однако противник, введя в бой из резерва еще одну пехотную дивизию, вынудил 5-ю СД отступить к реке Вилия.
Немцы предприняли попытку ударом в правый фланг остановить 89-й полк, переправив на лодках на южный берег Вилии несколько сот стрелков. Контратакой батальона старшего лейтенанта Д. С. Воронкина при поддержке огня полковой батареи и станковых пулеметов их намерение было сорвано. На поле боя осталось до 400 трупов, полсотни мотоциклов с колясками, 150 велосипедов. В сражении между Ионавой и Каунасом 89-й СП уничтожил и вывел из строя ориентировочно до полутора тысяч вражеских солдат и офицеров, взял трофеи в виде пушек, автомашин, мотоциклов и другого снаряжения. До 900 захватчиков уничтожил 117-й полк. Воины 225-го стрелкового полка (командир — подполковник Ф. И. Мацук) огнем рассеяли кавалерийскую часть и подбили несколько танков. Огневую поддержку пехоте обеспечивали подразделения 211-го ЛАП. Собственные потери также были очень серьезными, выбыла из строя значительная часть начсостава. Когда немцы сами контратаковали и создалось угрожающее положение, командир дивизии генерал-майор В. Ф. Павлов лично повел в бой курсантов, находившихся в резерве полковых школ, и геройски погиб. Также 25 июня под Каунасом был убит зам. командира 33-й дивизии полковой комиссар А. И. Силантьев. К вечеру 25 июня 56-й МК Манштейна, отбросив ослабленные подразделения 188-й стрелковой дивизии, частью сил зашел в тыл 23-й и 33-й дивизиям, занял Ионаву и вышел на шоссе Каунас — Двинск еще в одном месте. 11-я армия, обойденная с обоих флангов, оказалась в оперативном окружении. Боевым распоряжением командующего армией 126-я СД была подчинена командиру 16-го корпуса с задачей прикрыть его отход на рубеже Клампиняй, Слободка, Будели. В районе м. Кроны к дивизии присоединились ее стрелковые батальоны, участвовавшие в строительстве приграничных укреплений.
