Первые золотые находки стали попадаться ныряльщикам в начале второго сезона работ. Сперва был найден фрагмент золотого блюда ручной работы. На нем была изображена женщина в струящемся платье с вазой с цветами. В левой руке она держала букет роз. Маленькая собачка прыгала у ее ног. Цветочный орнамент украшал фрагмент по краям. Впоследствии было найдено большинство из осколков блюда. Согласно документам Севильского архива по делам Индии, галеон перевозил на своем борту блюдо из чистого золота и набор с кувшинами, считающиеся подарком короля Испании японскому императору. Во время официального расследования гибели галеона испанские власти обвинили губернатора Манилы Коркуэра в незаконном присвоении этих предметов на Филиппинах и их возвращении в Испанию в качестве личного груза губернатора. Золотое блюдо с женщиной было важной находкой, но были и другие, которые впечатляли гораздо сильнее. Так, ныряльщик Энт Навин нашел маленькую золотую туфельку, инкрустированную алмазами и бриллиантами. В туфельке могли храниться духи или другая парфюмерия. Повезло и Майклу Флэкеру, инженеру и подводному оператору из Австралии, который поднял 32 золотые цепи, каждая из которых была по полтора метра длиной. Все цепи лежали вместе и были скручены золотой проволокой. Они были погребены под 2 м осадков под узким выступом так, что его руки с трудом смогли до них дотянуться. Аквалангистами были подняты более чем 1300 единиц золотых ювелирных изделий: цепи, кресты, четки, пряжки, филигранные пуговицы, кольца и броши с драгоценными камнями. Некоторые из менее ценных находок с галеона также были очень интересны. Например, 156 кувшинов для хранения пищевых продуктов, найденных на глубинах от 45 до 60 м.
Реставраторы тщательно проанализировали содержимое кувшинов. В двух из них была застывшая восточная ароматическая смола, используемая как ладан-фимиам, другие хранили мелкие кости, до сих пор сохранившие следы ножа бакалейщика. На кувшинах были выгравированы имена владельцев или испанские и китайские символы, указывающие на их содержимое: соль, уксус, селитра и вино. Но большинство кувшинов содержало питьевую воду, так как манильские галеоны на торговом пути не делали остановок по 5–8 месяцев.
Для обследования дна на глубинах, не доступных аквалангистам, «Тенгар» имел двухместный водолазный колокол. Также использовался робот с видеокамерой, управляемой с поискового корабля. А там, куда не могли спуститься колокол, применяли обитаемый подводный аппарат, вмещавший двух пилотов и наблюдателя. Данные глубоководных исследований удостоверили, что обломки крушения сбросило с рифа до глубины 80 м.
Работа по консервации находок велась круглые сутки. После очистки каждый предмет был измерен, сфотографирован, зарисован на бумаге, а его образ был занесен на лазерный диск бытового компьютера.
Многие предметы были повреждены тайфунами и обросли кораллами уже позже крушения галеона. Так, например, один кусок коралла в действительности содержал 564 отдельных изделия – стеклянные бусины китайского происхождения, керамические черепки, разукрашенные медные кнопки, остатки листового золота, две серебряных рукоятки от шпаг и бронзовые китайские весы, использовавшиеся, вероятно, для взвешивания драгоценных камней. Некоторые предметы были сугубо личными. Так, на поверхности маленького золотого гребня можно было разобрать надпись «год 1618», нанесенную золотыми точками. Также было видно и имя «Донья Каталина де Гусман». Дальнейшие поиски выявили, что она была вдовой и в 1634 г. жила в Маниле. Находилась ли она на борту затонувшего корабля? Никто не знает. Чаще всего гребни делались не из золота, а из других материалов, в основном из слоновой кости или панциря черепахи. В 1767 г. на галеоне «Сан-Карлос» перевозился груз из 80 тыс. гребней.
Находки, нанесенные на археологические карты-планы, привели к следующим выводам: галеон несколько раз ударился о риф и, распоров днище, потерял балласт, а затем постепенно распадался на части и терял свое содержимое вдоль всего рифа, что отчетливо прослеживается на составленных планах. Кормовую надстройку корабля вынесло на мелководье, а центральный корпус с ахтердеком подхватило течением и отнесло на глубоководье, где они, заливаемые водой, опустились на дно. Потеря галеона «Нуэстра сеньора де ля Консепсьон» стала трагедией для Филиппин, а его судьба служит аллегорией человеческой жадности.
