В нем предписывалось «по получении сего немедленно отправиться в крейсерство около Дарданеллей» и, если потребует Порта помощи, где бы то ни было, «всею вашею эскадрою содействовать с ними противу французов». Политическая обстановка менялась принципиально. Только что готовились воевать с турками, теперь надо с ними «содействовать» против французов. Для морального духа командования и личного состава, очевидно, это было сильнейшим испытанием. Оно, кстати, остается не замеченным в последующих исследованиях.
Таким образом, заблаговременная подготовка эскадры осуществлялась в предположении войны с турками, а не с французами. Сам Ушаков готовился вести морские сражения, какие он проводил неоднократно с этим противником в предыдущие годы. Однако в конечном итоге выяснилось, что с предполагаемым противником надо совместно воевать против совсем другого противника.
Требование «немедленно отправиться» не оставляло времени на подготовку. Однако вовсе обойтись без непосредственной подготовки было нельзя. Требовалось пополнить израсходованные запасы, выполнить самый необходимый ремонт кораблей, получивших повреждения в ходе крейсерства. «С крайней поспешностью» пришлось заменить в составе эскадры ветхий корабль «Св. Владимир» и фрегат «Александр» на 40 – пушечные фрегаты «Казанская Богородица» и «Сошествие Св. Духа». Вместо ветхого негерметичного судна «Полоцк», наконец-то, было получено согласие взять фрегат «Счастливый», чего Ф.Ф. Ушаков безуспешно добивался всю весну и лето. Ремонт кораблей осуществлялся «по требованию командиров». Запасы провизии принимались на 4 месяца. Вся работа выполнялась в авральном ритме и продолжалась неделю. (О подобных ситуациях русские остряки говорят: «Хватай мешки – вокзал отходит»). В эти же дни Ушаков принимает решение о маршруте перехода в район крейсерства – «вдоль румелийских берегов» и о промежуточном месте стоянки (Варна), о чем докладывает в Адмиралтейств-коллегию генерал-адмиралу графу Г.Г. Кушелеву.
В ходе подготовки эскадры в Санкт-Петербурге подписывается указ Павла I о формировании резервной эскадры для охраны крымских берегов и усиления, в случае необходимости, эскадры Ушакова. Командовать эскадрой должен был заместитель Ушакова контр-адмирал И.Т. Овцын. Однако получен будет указ об этом, когда Ушаков с эскадрой уже будет в Константинополе.
12 августа, несмотря на невыполнение ряда мероприятий, эскадра покидает Ахтиарский рейд более чем на два года (кто из моряков предполагал, что уходит на столь долгое время?). Рапортом Главному командиру Черноморских флотов Ф.Ф. Ушаков докладывает, что ему требуется ещё 2 посыльных судна; соленое мясо и коровье масло, которых не оказалось в достаточном количестве в Ахтиарском порту; удовлетворение денежным жалованьем команд, хотя бы по начало 1798 года (они его получили только по сентябрь 1797 года); обмундирование для матросов (за 1798 год было получено только по 3 рубахи с брюками).
Так закончился этап подготовки, и началось развертывание эскадры.
Развертывание к указанному в царском рескрипте району крейсерства – Дарданеллам Константинопольского пролива (Босфор) Ф.Ф. Ушаков осуществил с 13 по 18 августа вдоль «румелейских берегов». На случай потери общего строя были назначены точки встречи (рандеву) у м. Калиакрия. Там, где он не так давно одержал громкую победу над теми, с кем нынче приходилось вступать в союз. Другая точка встречи была назначена у входа в Босфор. Однако воспользоваться ими не пришлось, т. к. все корабли шли вместе. Правда, из-за сильных ветров уже на данном переходе большое количество кораблей получило повреждения.
15 августа пришлось вернуть в Ахтиар с полпути акат «Святая Ирина», а от самых Дарданнелл – корабль «Св. Троица». Кроме того, военный совет из командиров всех кораблей у входа в пролив освидетельствовал другие корабли, получившие повреждения. «Св. Петр» имел течь в подводной части и мог плавать в штормовую погоду ограниченно. «Мария Магдалина» и «Казанская Богородица» имели течь в надводной части корпуса, которые были заделаны командами. На фрегате «Св. Николай» был поврежден руль. Количество поврежденных кораблей говорит, как о реальной технической готовности кораблей перед выходом из Ахтиара, так и о сложности перехода.