До 24 августа эскадра крейсеровала у входа в пролив, пока решались дипломатические вопросы, в том числе и вопрос о беспрепятственном обратном проходе эскадры. Ушаков не вошел в пролив, пока не убедился в наличии письменного согласия Порты на возвращение эскадры в виде Декларации. В данном поступке проявляется его твердость, осторожность, скрупулезность в исполнении высочайших повелений. Первая попытка войти в пролив оказалось неудачной. В условиях плохой видимости по вине лоцманов корабли «проскочили» вход в пролив и удалились от него на восток на 30 миль. Вторая попытка оказалась успешной. Российские корабли впервые в истории стали строгой линией на якоря в проливе напротив летней резиденции султана.
Турки были весьма рады быстрому приходу русских кораблей. К Ушакову последовали визиты чиновников. В первый день – чиновник с цветами и фруктами, во второй день – Первый драгоман Порты привез от султана табакерку, осыпанную бриллиантами «за скорое прибытие». Уже в ходе этих первых визитов поднимается вопрос о действиях в Архипелаге.
Далее последовали две конференции с участием турецких, российских и английских представителей (28 и 30 августа). На конференциях обсуждались цели предстоящих совместных военных действий. Уже на первом заседании Порта дала согласие выделить в состав соединённых эскадр 6 кораблей, 10 фрегатов и 30 малых судов, чтобы «идти соединенно в Архипелаг и к Ионическим островам». Так обозначилась цель предстоящих действий. Почему именно в Архипелаг и к Ионическим островам, а не к Египту, где высадилась армия французов? Ответ прост – к тому времени состоялось Абукирское сражение, в результате которого был разгромлен французский военный флот. Без поддержки же армии флотом трудно было рассчитывать на стратегический успех всей кампании.
В новых условиях поддержку французы могли организовать по двум направлениям – из Тулона и из Венеции. Кроме того, на втором направлении существовала реальная опасность наращивания французами группировки на восточном побережье Адриатического моря. Эта группировка могла развить наступление в направлении Константинополя и далее на соединение с египетской армией. На первом направлении действовал Г. Нельсон, поэтому требовалось прикрыть и второе направление. Так что выбор цели действий соединённых русско – турецких эскадр следует признать вполне оправданным.
Для этого предназначалось две трети сил соединённых эскадр, одну треть всё же предполагалось отправить в крейсерство к о. Родос. Большая часть эскадр должна была блокировать остров Корфу и «оберегать» берега Блистательной Порты и Албании путем крейсерства в Венецианском заливе от десантов, могущих быть от Анконы. Порта высказывала желание, чтобы эскадра Ушакова была усилена ещё несколькими русскими кораблями.
Таким образом, по существу, Блистательная Порта, а не Россия, поставила конкретную цель действий эскадр. Политическое решение императора о содействии турецкому флоту было явно не конкретным и, глядя правде в глаза, надо признать – не оно определяло военную цель действий. Данное обстоятельство важно понимать, поскольку во многих, даже серьезных, работах утверждается, что император поставил цели эскадре по освобождению островов, оказанию помощи Неаполитанскому королевству и освобождению о. Мальта. Ничего подобного в реальности не было. Цель относительно островов сформулирована в Константинополе, а о двух других целях в то время даже не задумывались ни политики, ни военные.
На втором заседании (30 августа) обсужденные накануне цели и распределение сил в основном были одобрены. Уточнили только количество кораблей, отправляемых к о. Родос. Было решено послать не 1/3 эскадры, а 4 фрегата (2 русских и 2 турецких) и 10 канонерских лодок (все турецкие).
В Константинополе Ушаков впервые начинает понимать три слабости своей эскадры. Первая слабость – отсутствие достаточного количества малых судов для ведения разведки («наблюдения») и для действий в мелководных проливах между островами. Поэтому он просит Главного командира Черноморских флотов о присылке таких судов. Но, в конечном итоге, он сумеет получить в состав эскадр не русские малые суда, а 40 турецких канонерских лодок.
Вторая слабость эскадры – отсутствие достаточного количества десантных войск для предстоящих десантных действий по освобождению островов. Фёдор Фёдорович считал необходимым иметь на кораблях не менее двух батальонов «сухопутных солдат» с батальонными (а не корабельными) командирами и орудиями в дополнение к 1663 «морских солдат», имеемых на эскадре. Позже, для штурма крепости Корфу, потребуется в несколько раз больше десантных войск, чем оценивал Ушаков.