Третья слабость эскадры – неопределенность порядка снабжения. Перед выходом из Ахтиара вопрос снабжения не был решен. Эскадра ушла, имея запасы на 4 месяца (до 1 декабря). В Константинополе Ушаков неожиданно понял, что действия могут затянуться. Вставал вопрос, как быть со снабжением? Кто будет снабжать? Соответствующие запросы направляются в контору Главного командира Черноморских флотов, русскому посланнику в Порте В.С. Томаре, в адмиралтейств-коллегию и даже Павлу I.
Проблема снабжения обозначилась в Константинополе ещё и потому, что в ходе ремонта кораблей, получивших повреждения во время перехода через Черное море, были израсходованы почти все материалы (гвозди, бревна, доски, железо и т. п.) взятые в Ахтиаре. И это при том, что некоторые корабли ремонтировались в турецком адмиралтействе и только часть – своими силами. Для закупки новых материалов нужны были деньги. Денег же не было даже на закупки свежей провизии, выдачи порционных и жалованья. И как в насмешку вдогонку эскадре контора Черноморских флотов на отремонтированной в Ахтиаре «Св. Ирине» прислала небольшое количество русских денег, которые в Порте не имели хождения. Пришлось их на том же судне отправить обратно. На «Св. Ирине» в этот раз ушел и назначенный командующим резервной эскадрой заместитель Ушакова контр-адмирал И.Т. Овцын.
30 августа пришел в Константинополь отремонтированный наспех корабль «Св. Троица».
На следующий день после второго заседания конференции (1 сентября) Ф.Ф. Ушаков осмотрел турецкую эскадру, поступающую в его подчинение, а также адмиралтейство и турецкие магазины. В основном все ему понравилось. (Большинство литературных обработок этого события повествует о том, что все турецкое Ушакову не понравилось, хотя на самом деле все было иначе). Через трое суток он получил повеление султана следовать из Босфора непосредственно в Дарданеллы для соединения с турецкой эскадрой, но из-за штормовой погоды смог это сделать лишь 8 сентября. Во время шторма получили повреждения 4 русских фрегата, которые были устранены собственными силами.
Соединившись с турецкой эскадрой под командованием вице-адмирала Кадыр-бея, Ф.Ф.Ушаков выработал с ним более детальный план действий и до 13 сентября готовился к походу. И Ушаков и Кадыр-бей считали необходимым для действий в районе островов иметь в составе соединённых эскадр не менее 12 канонерских лодок с мортирами. По их просьбе Порта в середине сентября назначила для этой цели 14 канонерских лодок.
Для связи между адмиралами и в помощь Ф.Ф. Ушакову Порта назначила переводчиком Александра Кальф-оглу, которого также наделила и распорядительными полномочиями в средиземноморских владениях Турции. К Кадыр-бею для тех же целей был назначен лейтенант Егор Метакса (грек на русской службе).
В те же дни император в Санкт-Петербурге, очевидно, реагируя на пожелание турецкой стороны, принимает решение усилить русскую эскадру эскадрой кораблей Черноморского флота под командованием контр-адмирала П.В. Пустошкина. В состав эскадры назначены два корабля («Св. Михаил» и «Симеон и Анна») Контр-адмирал П.В. Пустошкин до этого командовал гребным флотом на Черном море. Одновременно император принял принципиальное решение на выделение денег для снабжения эскадры (Документы, т.2, 103).
Как видно из текста, тон указа прямо-таки барский, а вернее – царский. Царь жалует и, казалось бы, теперь команды кораблей и лично командующий будут жить прекрасно. Во что это все обернется, мы покажем в дальнейшем повествовании. А пока, в Константинополе на эскадре резко увеличилось количество заболеваний. Врачи видели причину их в плохом питании и в некачественной питьевой воде.
14 сентября к о. Родос отправляется эскадра кораблей под командованием капитана 2 ранга А.А. Сорокина. Остальные корабли должны были выйти к Ионическим островам через двое суток. Однако из-за неблагоприятной погоды смогли это сделать только 20 сентября. В конечном итоге в составе соединённых эскадр на конец сентября 1798 года было 10 кораблей (6 российских и 4 турецких), 12 фрегатов (6 русских и 6 турецких), 4 корвета (все турецкие), 14 канонерских лодок (все турецкие), 4 легких судна (все русские).
Погода на переходе от Константинополя к Ионическим островам была благоприятной и уже 24 сентября Ф.Ф. Ушаков отдает первый ордер (приказ) на занятие острова Цериго. Начинается новый этап – освобождение Ионических островов.