Основой сюжетной параллелью гностическому мифу о Софии в романе является судьба самой Жюстин, которая когда-то потеряла ребенка от первого брака и с тех пор ищет его по Александрии. Ребенок, скорее всего, украден и продан в один из детских публичных домов (сквозной образ в «Квартете»), но, возможно, просто упал в канал и утонул (вода, символ забвения и одновременно коллективной, бессознательной памяти, также относится к числу центральных образов тетралогии). Этому поиску детективного характера, впрочем, лишь изредка всплывающему на страницах романа, параллелен поиск духовный, попытка путем полного напряжения мысли и чувств найти выход к высшему проявлению своего «Я». И еще одна деталь, которая имеет отношение к этой сюжетной канве, внешней с точки зрения лежащей под ней гностической структуры. В ранней юности Жюстин была изнасилована одним из дальних родственников и с тех пор не может отдаться мужчине, не вспомнив об этом эпизоде.
Параллель между Жюстин и Софией в романе проводится сразу. Лирическое вступление, где заявлены все основные темы книги, завершается построением логической цепочки: Александрия (понимаемая как некий духовный комплекс, обладающий собственной судьбой и волей) – Жюстин – София. «Она постоянно напоминала мне ту кошмарную породу цариц, которая, подобно облаку, затмившему подкорку Александрии, оставила после себя аммиачный запах кровосмесительных романов. Гигантские кошки-людоеды вроде Арсинои – вот ее истинные сестры. Но за поступками Жюстин стояло что-то еще, рожденное более поздней трагической философией, где мораль призвана была выступить противовесом разбою воли. Она стала жертвой воистину героических попыток сделать нужный выбор. И я все еще способен увидеть прямую связь между Жюстин, склонившейся над раковиной, в которой лежит выкидыш, и бедной Софией Валентина, умершей от любви столь же прекрасной, сколь ошибочной».
Ошибочный поиск Софии (по-гречески – «мудрость» с оттенком рациональности) воплощает у гностиков в одном из толкований мифа трагические попытки рационального мышления самостоятельно пробиться к истине, к Богу, изначально обреченные на неудачу в силу своей односторонности и склонности скорее к анализу, к отказу от единства, а не к его постижению. Дарли, шаг за шагом прослеживая этапы своего романа с Жюстин, как бы ненароком, вскользь акцентирует внимание читателя на особенностях ее способа постижения мира. В следующем после приведенного выше отрывка эпизоде Гастон Помбаль, один из жрецов любви в «Квартете», указывает на исконно нездоровую, по его мнению, природу александрийской любви, испорченной «иудеокоптской манией расчленять, анализировать» (Жюстин – еврейка, перешедшая перед замужеством в христианство коптского толка). О вампирической страсти Жюстин к знанию, к информации, к новым лицам, новым мужчинам, новым идеям как к средству движения вперед не раз пишет в посвященном ей романе ее первый муж Арноти. Даже его знакомство с этой тогда еще совсем молоденькой и не вхожей в александрийский свет натурщицей началось с достаточно характерной фразы Жюстин, которая встретилась с ним глазами в зеркале: «Вечно слишком мало света». Гностическая страстность мысли оборачивается у нее той «пугающей целеустремленностью ума» в поисках вселенской логики, «доказательств бытия Божьего», которая так настораживает самого Дарли. Лишенная чувства юмора, она требует от него, которому «все идеи кажутся одинаково здравыми», занять определенную позицию по отношению к той или иной логической конструкции. Дарли, который видит выход для «глубоко чувствующего человека, осознающего неизбежную ограниченность человеческой мысли», в единственном способе ответа – «иронической нежности и молчании», все же пытается объяснить ей первородный грех ее мысли. «Твои, к слову сказать, метания, – говорит он, – в которых столько неудовлетворенности, столько жажды абсолютной истины, – в них так мало сходства с греческим скепсисом, со средиземноморской игрой ума, который сознательно окунается в софистику как в условия игры, для тебя ведь мысль – оружие, теология».
Своего апогея тема внутренних поисков Жюстин достигает в одной из «силовых точек» романа – в описании ее спальни, увиденной глазами Дарли. Кровать, туалетный столик, над кроватью и над иконами – вселенная Птолемея. Полки с книгами философов. Моментальная метафора – Жюстин среди философов как больной среди лекарств. И тут же внезапно возникающий символический образ – Кант в ночном колпаке, ощупью бредущий вверх по лестнице. Ситуация теряет обусловленность сюжетом. Достаточно механический доселе гностический «скелет» романа, соединившись наконец в символе с сюжетным материалом и выведя его на уровень глобальных обобщений, получает право снова «уйти в подполье» до следующего «прорыва».
