5 мая — резкая критика политики властей в России Патриархом на IV Всемирном Русском Народном Соборе.
Июнь — паломничество Патриарха Алексия на Святую землю, празднование 150-летия Русской духовной миссии в Иерусалиме.
Конец июня — визит в Австрию. Разногласия с президентом Ельциным, отклонившим закон «О свободе совести и о религиозных объединениях».
Июль—август—сентябрь — поездки в Прибалтику, Ярославскую епархию, Одессу; переговоры с Константинопольским Патриархом Варфоломеем.
Сентябрь — под давлением Патриарха Ельцин подписал закон «О свободе совести и о религиозных объединениях».
1998, весна — резкая критика Патриархом Алексием ситуации в стране. Разногласия с Ельциным по поводу принадлежности останков, найденных под Екатеринбургом.
Август — посещение Валаама и Саввино-Сторожевского монастыря.
Сентябрь — визит в Белоруссию.
Октябрь — посещение Оптиной пустыни.
Ноябрь — визит в Воронежскую и Липецкую епархии.
1999, 19 февраля — награждение Патриарха Алексия орденом Андрея Первозванного.
23 февраля — семидесятилетний юбилей Святейшего Патриарха Алексия II.
11 марта — заявление Патриарха с призывом положить конец преступной деятельности чеченских бандитов, наладивших целую индустрию работорговли на Северном Кавказе.
20—22 апреля — Святейший Патриарх находится в блокадном и обстреливаемом Белграде.
Май — канонизация праведной Матроны Московской; визит Патриарха Алексия в Японию.
22 июня — заявление Патриарха по поводу неприятия им независимости Косова.
Июль — паломничество на Валаам.
Осень — ряд поездок Патриарха по многим епархиям России.
12 ноября — заявление Патриарха о том, что Церковь поддерживает контртеррористические операции на Северном Кавказе.
Декабрь — поездка в Восточную Сибирь и работа V Всемирного Русского Народного Собора.
2000, январь — паломничество Патриарха Алексия на Святую землю.
7 мая — впервые после 1917 года нового главу государства — президента России В. В. Путина — перед вступлением в должность благословил Предстоятель Русской Православной Церкви, и впервые после 1682 года — Патриарх Московский и всея Руси.
10—12 мая — поездка Святейшего на Дальний Восток.
13—18 мая — поездка в Японию.
10 июня — десятилетие интронизации Патриарха Алексия.
Июль — поездка на Валаам.
Август — Архиерейский Собор, на котором Предстоятель выступил с фундаментальным докладом о деятельности Церкви в минувшем столетии.
Осень — поездка на Урал.
2001, лето — поездки Патриарха по Поволжью, в Чувашию, Мордовию, канонизация адмирала Фёдора Ушакова в лике святых. Посещение Западной Сибири.
20—22 августа — паломничество на Соловки вместе с В. В. Путиным.
3 сентября — сорокалетие архиерейского служения. Патриарх Алексий выступил с осуждением действий террористов после событий 11 сентября в Нью-Йорке.
Октябрь — смена руководства Русской Зарубежной Церкви, начало медленного её сближения с Русской Православной Церковью Московского Патриархата.
13 декабря — появление В. В. Путина на VI Всемирном Русском Народном Соборе.
2002 — экспансия Ватикана в России, вызвавшая решительные протесты Патриарха Алексия.
14 марта — окончание строительства храма Христа Спасителя.
Май — визит в Белоруссию.
7 июня — начало постоянного сотрудничества с Высшим религиозным советом народов Кавказа и лично Патриарха Алексия с председателем Управления мусульман Азербайджана и Кавказа Шейх-уль-исламом Аллахшукюром Паша-заде.
Июнь—июль—август — пастырские визиты в Рязанскую епархию, в Санкт-Петербург, на Валаам, в Тамбовскую и Костромскую епархии. Конец октября — посещение Астраханской епархии, резкое ухудшение состояния здоровья. До конца года Святейший Патриарх находится на излечении.
2003, 26 марта — открытое письмо Патриарха Московского и всея Руси Генеральному секретарю ООН с осуждением агрессии США против Ирака.
Июль—август — торжества в Сарове по поводу столетия прославления преподобного Серафима Саровского.
Сентябрь — посещение Эстонии.
Ноябрь—декабрь — первый обмен официальными делегациями с Русской Зарубежной Церковью. Создание комиссии по обсуждению вопросов, касающихся восстановления канонического общения двух Церквей.
2004 — 75-летие Патриарха Московского и всея Руси Алексия II.
3 февраля — в Свято-Троицкой Сергиевой лавре на открытии VIII Всемирного Русского Народного Собора Патриарх провозгласил, что настала пора заново осмыслить значительную роль Православия в мировой истории, в начертании судьбы человечества.
23 февраля — Святейший награждён орденом «За заслуги перед Отечеством» 1-й степени.
Май — официальный визит в Россию Предстоятеля Русской Зарубежной Церкви митрополита Лавра.
9 июня — перенесение мощей святителя Филарета (Дроздова) в храм Христа Спасителя.
