Другим шагом Якова стало ослабление репрессивных мер против католиков, введенных Елизаветой (так называемые «законы о нонконформистах»). Король не отменил эти законы, но высказался за их смягчение — в частности, за отмену специального налога с католиков. Однако эти меры открыто саботировались министрами, особенно Сесилом. А скоро и сам Яков был разозлен открытым сопротивлением католиков. Все началось с заговора католического священника Уотсона, решившего свергнуть короля и восстановить «истинную веру». О заговоре, как ни странно, Якову сообщили иезуиты, которые хотели тем самым побудить короля улучшить положение католиков. Первоначально их надежды оправдались; 17 июля король встретился с депутацией католиков и торжественно пообещал им отменить дискриминационный налог. В ответ папский нунций обещал, что папа Климент VIII примет все меры, вплоть до отлучения от церкви, чтобы удержать католиков Англии в повиновении королю. Но тут в процесс примирения вмешались личные обстоятельства. Королева Анна была тайной католичкой, и в январе 1604 года некий Стэнден привез ей реликвии и какие-то письма из Рима. Вскоре Яков узнал, что на самом деле папа вовсе не собирается отлучать католиков за их выступления против «еретика». Ему также донесли, что после отмены налога число католиков и их священников в стране сильно возросло. Все это воскресило в нем привычную боязнь заговоров, и он начал действовать. Хотя налог пока не был восстановлен, указ 22 февраля предписал выслать из Англии всех католических священников.
Не меньшим, чем католики, преследованиям подвергались при Елизавете и пуритане — радикальные сторонники протестантства. Эту публику Яков хорошо знал по Шотландии и не питал к ней никакого сочувствия. Он с раздражением говорил: «Пресвитеры согласуются с монархией не больше, чем Бог с дьяволом. Этак любые Джек и Том могут собраться и начать указывать мне и моему совету, что нам делать да как поступать». По пути в Лондон представители пуритан поднесли ему так называемую «Петицию тысячи», прося позволить им устраивать церкви в соответствии с нормами их вероучения. Первоначально король склонялся к их требованиям, которые к тому же поддерживал его советник Бэкон, но на совещании в Хэмптон-Корте пуритане проявили такую агрессивность, что Яков прогнал их, сказав: «Раз они так себя ведут, пусть подчиняются правилам, иначе я выгоню их из страны». Он по-прежнему глубоко интересовался церковными делами, и прежде всего — новым переводом Библии, предпринятым группой ученых по инициативе короля и при его живом участии. «Библия короля Якова» стала одним из важнейших итогов его царствования; сам он придавал ей такое важное значение, что даже советовался с парламентом в отношении отдельных трудных мест.
Однако Библия стала единственным вопросом, по которому король и парламент смогли договориться. В целом абсолютистские замашки Якова были глубоко чужды большинству членов парламента. Борьба Генриха VIII и Елизаветы с феодалами и церковью усилила роль мелкого дворянства — джентри, которое понемногу вступало в союз с торговой буржуазией и юристами из лондонского Сити. Объединившись в стенах парламента, эти силы могли блокировать чуть ли не все решения короля. Его, как и Елизавету, особенно раздражали покушения депутатов на те вопросы, которые ранее считались исключительно монаршей прерогативой, — международные отношения, браки королевских родственников и церковную политику.
Собравшийся 19 марта парламент отклонил все предложения короля; он удовлетворил все требования пуритан и отверг окончательный союз с Шотландией, на котором настаивал король. На открытии король произнес напыщенную и как обычно путаную речь, сказав: «Я муж, а весь остров — моя жена. Я голова, а это — мое тело; я пастух, а это — мое стадо. Никто ведь не будет столь неразумен, чтобы думать, что я, христианский король, буду мужем двух жен одновременно». Однако парламентарии предпочли оставить Шотландию отдельным государством, чтобы она не сделалась бастионом консерватизма, оплотом английских противников реформ (заметим в скобках, что это все равно произошло). 7 июля король лично явился в парламент, чтобы повлиять на него, но в итоге вступил в перебранку с депутатами и в конце концов закрыл заседание. После этого меры против пуритан были ужесточены — все проповедники, отказавшиеся подчиниться официальной церкви, высылались в другие графства.
