В 1938—1953-х годах существовал Ягринский исправительно-трудовой лагерь. Первоначально он размещался на острове Ягры, что дало ему название, затем появились отделения в других частях современного города. Лагерные пункты имелись и в близлежащих деревнях. В разное время в лагере содержалось от 5 до 31 тысячи человек (По некоторым данным до 50 тысяч). При этом только за 1940—1945 годы в лагере умерло более 9 тысяч человек. Заключённые строили заводы, порт, жилые дома и дороги, валили лес и добывали песок для строительства города на болотистой местности.
Во время Великой Отечественной войны.
В военные годы город Молотовск совместно с Архангельском и Мурманском являлся одними из главных портов, принимавших грузы стран-союзниц по ленд-лизу.
История северных конвоев долгие годы связывались лишь с Мурманском и Архангельском. Северодвинск (Молотовск) при этом оставался как бы в тени. О городе в СССР, в силу характерной деятельности основных промышленных предприятий, старались упоминать как можно реже.
А между тем, Молотовский порт нёс большую тяжесть тех военно-транспортных операций.
Первая военная зима выдалась суровой и навигация началась очень тяжело. Подготовка и обустройство причалов в Молотовске шли спешным порядком. В Молотовске появился представитель Государственного комитета обороны И. Д. Папанин, срочно возведённый к этому времени в ранг контр-адмирала.
В декабре в Архангельск прибыли представители военно-морских сил США, чтобы организовать на местах приёма грузов постоянные американские миссии. В Молотовске отделение миссии разместилось по адресу: ул. Парковая 13. Возглавил его работу помощник атташе Филипп Уорчелл.
23 декабря 1941 года линейный ледокол «Иосиф Сталин» с большим трудом провёл в Молотовск транспорты конвоя PQ-6. Конвой PQ-6 оказался последним союзным конвоем, пробившимся через льды к причалам Архангельска и Мурманска в 1941 году.
В первый день лета 1942-го в Молотовск пришли два транспорта PQ-16. Они доставили танки, самолёты, взрывчатку, бензин и продовольствие.
Молотовск, как и Архангельск, принял уцелевшие остатки разгромленного конвоя PQ-17. К сожалению, сегодня мы пока не можем перечислить все суда PQ-17, ставшие на его рейде и к причалам. Тяжелейшие последствия трагедии PQ-17 известны.
К зиме 1942—1943 годов положение на северных направлениях резко ухудшилось. Противник стремился перерезать Кировскую железную дорогу — сухопутная связь с Мурманском тогда бы прервалась.
По указанию правительства и наркома ВМФ основными «грузополучателями» ленд-лиза стали Архангельск и Молотовск. Причём Молотовску (из-за тяжёлых льдов на Северной Двине и мелководья её русел) теперь отводилась главная роль в период зимних навигаций. Тем более, что к этому времени по инициативе И. Д. Папанина завершилось совершенствование Молотовского порта и близлежащей нефтебазы.
За лето 1942 года в Молотовском порту появился мощный кран для выгрузки «тяжеловесов», увеличены глубины на его акватории, выросла и линия причалов, один из которых оборудовали для бункеровки ледоколов и пароходов углём.
В послевоенные годы
Подводная лодка «Акула»
В 1950-е годы XX века завод решено было перевести на строительство атомных подводных лодок, и в скором времени он стал главным советским предприятием по производству стратегических подводных лодок.
Указом Президиума Верховного Совета РСФСР №733/2 от 12 сентября 1957 года город Молотовск был переименован в город Северодвинск.
Город Северодвинск начал стремительно развиваться. Численность населения резко возрастала, в том числе и за счёт местных и приезжих молодых специалистов. Активно работали судостроительные и общегородские предприятия, резко возрастало в Северодвинске строительство жилья для корабелов (всего за 30 лет в Северодвинске было построено и передано ВМФ в эксплуатацию с качественным эксплуатационно-ремонтным сопровождением около 130 атомных подводных лодок).
После распада Советского Союза Северодвинску было присвоен статус Государственного Российского центра атомного судостроения.
Судостроительные заводы «Севмаш», «Звёздочка», город и все предприятия центра атомного судостроения постепенно с трудом пережили кризис 1990-х, сумели приспособиться к современным рыночным условиям (активное участие в конкурсах по госзаказам, выполнение заказов других стран, разнообразие выпускаемой продукции) и вернуться к стабильному существованию.
Символы
Эмблема города Северодвинска 1967 года
Герб Северодвинска 1993 года