В том же 800 году Карл Великий организовал Аварскую марку (Awarenmark) – пограничную территорию между Дунаем и Дравой, созданную для защиты империи от набегов аваров из Паннонии. В 820 году, когда начался распад аварского государства, Аварская марка была превращена в Паннонскую марку, занимавшую территорию к югу от Дуная, между Венским лесом (Wienerwald) и рекой Энс. Как часть Баварского герцогства Паннонская марка противостояла славянскому государству Великая Моравия, просуществовав до 900 года.
В период до 955 года часть территории бывшей Паннонской марки – Нижняя Паннония – попала под власть мадьяр (венгров), а потом вся территория Паннонской марки вновь отошла Баварскому герцогству. В 976 году, как уже было сказано выше, император Священной Римской империи Оттон II изъял маркграфство из состава герцогства и передал его Леопольду I Бабенбергу.
Следует отметить, что борьба с Аварским каганатом на территории современной Австрии шла с конца VI века. Шла ожесточенно и с переменным успехом. В результате романизированное население было вытеснено из восточных областей и сохранилось лишь в районе современного Зальцбурга.
В 623 году славянское население каганата подняло восстание и образовало независимое государство (союз племен) Само. После его распада в 658 году было создано славянское княжество Карантания, включившее территории Каринтии, Штирии и Крайны. В то же время началась активная христианизация населения современной Австрии, и на баварской территории было основано епископство Зальцбургское (в 739 году Зальцбург стал епископской резиденцией, а в 798 году зальцбургских епископов повысили в статусе, и они стали архиепископами).
Историк Карл Воцелка в «Истории Австрии» пишет:
Усилиление аварского давления и постепенное укрепление Баварского герцогства привели к установлению сюзеренитета над Карантанией в 745 году. Проще говоря, карантанцы были вынуждены искать помощи у баварцев (баваров), и в 745 году после особенно разорительного набега аваров карантанский князь Борут обратился за поддержкой к герцогу Баварии Одилону, женатому на дочери Карла Мартела, фактического правителя Франкского государства. Вместе они нанесли поражение аварскому войску, расширив границы Карантании, а в обмен на помощь Борут признал сюзеренитет Баварии.
Виндобона в то время уже окончательно осталась в прошлом. Вокруг ее руин начали возникать новые жилища, начала строиться церковь Святого Рупрехта (Ruprechtskirche).
В 881 году город впервые упоминается под средневековым названием Вениа (Venia или Wenia). После прихода храброго рыцаря Леопольда Бабенберга в хрониках появилось название Вена (Wien), которым обозначалась бывшая колония римлян. Затем, выдержав несколько нападений славян и венгров, Вена благодаря своему выгодному местоположению стала важным торговым городом.
Так Вена стала резиденцией Бабенбергов, представителей первой герцогской династии в Австрии. Бабенберги происходили, по всей видимости, из города Бамберг во Франконии (это север современной Баварии). Кроме Австрии, Бабенберги были также герцогами Швабии, Баварии и Штирии.
Австрийский профессор Карл Воцелка в «Истории Австрии» пишет:
