Поначалу императорским войскам, большую часть которых составляли части французского экспедиционного корпуса, другую — добровольцы, набранные в габсбургских землях, и лишь меньшинство — монархически настроенные мексиканцы, удалось отбросить республиканцев в отдаленные районы страны. Однако для Наполеона III, встревоженного резким усилением Пруссии, Европа теперь значила куда больше, чем далекая Мексика. К тому же там вряд ли можно было ожидать скорой победы, а вместо возвращения старых долгов поддержка Максимилиана требовала от французской казны все новых и новых расходов. Бонапарт дал задний ход: начался вывод французских войск из Мексики. Габсбург, волей судьбы и собственного честолюбия занесенный за океан, отныне был предоставлен самому себе.
В 1866 г. ситуация в Мексике решительнъш образом изменилась: Хуарес перешел в контрнаступление на севере и юге страны. Император лично водил в атаку свои редеющие войска, но шансы на успех убывали с каждым сражением. Шарлотта отплыла в Европу, где попыталась заручиться поддержкой великих держав для своего супруга. Эта миссия оказалась, для нервной, склонной к рефлексии женщины непосильным бременем: во время визита в Рим, к папе, у Шарлотты начались припадки безумия. Она страдала манией преследования и тяжелыми депрессиями. Состояние императрицы быстро ухудшалось; вскоре она уже ничего не помнила и никого не узнавала. В таком состоянии несчастная и провела остаток своей необычайно долгой жизни — она умерла в 1927 г., когда уже мало кто вспоминал не только о злополучном мексиканском Габсбурге, но и о погубившем его Хуаресе, и о предавшем его Бонапарте.
К началу 1867 года император Мексики все меньше походил на монарха и все больше — на пленника. Думал ли он о возвращении в Европу, в Австрию, весть о поражении которой дошла и до Нового Света? Наверняка, но и здесь габсбургское честолюбие сыграло роковую роль: вернуться домой означало признать свое поражение, отказаться от высокой миссии, к которой, как был убежден Максимилиан, его призвал Бог. Он остался, и вскоре ловушка захлопнулась. Войска Хуареса окружили город Керетаро, где с остатками своей армии укрылся император, и в ночь на 15 мая полковник Лопес, перешедший на сторону республиканцев, открыл им ворота города.
