В качестве заслона от турок на южных рубежах владений династии, в Хорватии и Воеводине (ныне северная Сербия), при Фердинанде I была создана так называемая Военная граница. Эти районы были выведены из-под юрисдикции хорватского сословного собрания (сабора) и переданы в ведение императорского военного совета. (Правда, окончательно статус Военной границы был определен значительно позднее — специальным рескриптом императорского правительства в 1630 г.) Из местных жителей, по большей части хорватов, но отчасти и сербов, бежавших от турецкого ига, были набраны особые полувоенные формирования —
Отношения между Фердинандом и Карлом V не были идиллическими. Еще в ранней юности Карл довольно бесцеремонно выгнал брата из Испании, боясь конкуренции с его стороны. Да и позднейшие шаги императора, в том числе передача Фердинанду полномочий имперского наместника и возведение его в ранг римско-германского короля, были продиктованы скорее политической необходимостью, чем братской любовью. В конце 40-х гг. Фердинанду пришлось отстаивать свои права в династическом споре — после того, как колеблющийся император вознамерился все-таки сделать своим преемником Филиппа. Тем не менее к концу правления Карла V Фердинанду удалось стать весьма влиятельной фигурой в Германии. Главным достоинством короля было то, что он понимал природу политики как «искусства возможного» и, в отличие от императора, никогда не увлекался несбыточной мечтой о всемирной монархии. За это, впрочем, его ждала двойная расплата.
Во-первых, Фердинанд был вынужден поделиться властью с курфюрстами, позволившими ему в 1558 г. стать обладателем императорской короны. После официального признания Фердинандом I коллективной ответственности его и имперских князей за состояние дел в империи надежды на создание в Германии централизованной монархии рухнули. Для габсбургского дома это означало, что среди правящих немецких династий он по-прежнему primus inter pares, но не более. Таким образом, внимание Габсбургов переключалось с дел имперских на состояние их многочисленных наследственных владений. В то же время о римско-германской империи Габсбурги никогда не забывали окончательно, и полностью отказаться от претензий на лидерство в немецких землях их заставили лишь прусские войска в войне 1866 г.
