Евреи, в отличие от христиан-некатоликов, не получили полного гражданского равноправия, однако их положение тоже значительно улучшилось: отныне они могли заниматься рядом ремесел, к которым прежде не допускались, основывать и владеть не только торговыми, но и промышленными предприятиями и даже учиться в университетах. Евреям позволялось носить европейскую одежду без всяких обозначений своей религиозной принадлежности. Тем самым было положено начало ассимиляции значительной части еврейского населения Австрии, чешских земель и центральной Венгрии, его интеграции в местное общество, в котором многие представители этого народа стали позднее играть выдающуюся роль в качестве предпринимателей, финансистов, ученых, врачей, деятелей искусств, адвокатов, журналистов и т. д. В то же время еврейские общины Галиции, Словакии, Трансильвании, отличавшиеся большей ортодоксальностью и приверженностью своим традициям, предпочитали и дальше жить в определенной самоизоляции.
Завоевав благодаря Патенту о веротерпимости расположение религиозных меньшинств монархии, Иосиф II, однако, восстановил против себя многих католиков — особенно после Того, как начал церковную реформу, направленную на фактическое подчинение церковной жизни интересам и нуждам государства. Император считал основной задачей церкви поддержание общественной морали и воспитание паствы в духе верности монархии, почитания законов, не только данных Богом, но и предписанных государем, распространение идей терпимости и гуманизма. Император вел настоящую войну с монастырями и монашеством, которое считал бесполезным явлением, к тому же распространяющим в народе суеверия. С 1782 г. секуляризация монастырских владений, начатая по инициативе Иосифа II, приняла массовый характер: за один этот год свои обители вынуждены были покинуть более семи тысяч монахов и монахинь. Началось изъятие и инвентаризация ценностей, накопленных монастырями; от продажи их имущества только в 1783 г. казна получила около 15 миллионов золотых. При этом императорские чиновники допускали множество злоупотреблений, а многие ценнейшие исторические реликвии были уничтожены — по недосмотру, чрезмерному усердию или необразованности йозефинистов.
Опасения Рима по поводу возможных последствий церковных реформ Иосифа II были столь серьезны, что весной 1782 г. папа Пий VI отправился с беспрецедентным визитом в Вену. Наверное, было бы преувеличением считать эту поездку «Каноссой наоборот». Напротив, восторженная встреча папского кортежа населением австрийских земель скорее продемонстрировала, сколь велик авторитет церкви в глазах общества и насколько ничтожна социальная база йозефинизма. 23 марта Иосиф II принял папу в Хофбурге и был с ним весьма почтителен — в отличие от старого канцлера Кауница, который, по воспоминаниям очевидцев, «зубоскалил» и таким поведением лишь подтвердил свою давнюю репутацию безбожника. Впрочем, несмотря на пышный прием, никаких существенных уступок от Иосифа Пий VI не добился. Зато недоброжелатели императора во главе с венским архиепископом Мигацци получили поддержку непосредственно от папы, что в дальнейшем усилило их позиции в борьбе против йозефинизма.
