Его назначили командовать Месопотамским фронтом, где сражалось много русских частей, прорвавшихся к англичанам через Персию. В январе 18-го Колчак выехал в Бомбей, но успел добраться только до Сингапура — обстановка изменилась. Во-первых, русские части в Месопотамии бросили фронт. Во-вторых, русский посол в Китае Н. А. Кудашев пригласил его для организации в полосе отчуждения Китайской Восточной железной дороги белогвардейских сил.
Через Пекин Колчак прибыл в Харбин и начал создавать вооруженные формирования из сбежавшихся сюда граждан России. Попытки кончились неудачей. Харбин всегда считался русской дальневосточной «помойкой», исторически заполнявшейся авантюристами и махинаторами всех мастей, и отсеять здесь «чистых» от «нечистых» было сверхсложной задачей. Возникли трения с ген. Хорватом, нерешительным и непоследовательным, но имевшим в Харбине наибольшую реальную власть управляющего КВЖД. Колчак говорил о нем "И по виду, и по качеству старая швабра".
Противником стал и атаман Семенов, видевший в действиях Колчака покушение на свое главенство и на уже сформированные им белопартизанские отряды. Наконец, враждебные отношения сложились с японской миссией и ее главой ген. Накашимой. Колчак был для японцев неподходящей, слишком независимой личностью. Поэтому они сделали ставку на Семенова, финансировали его и снабжали оружием, параллельно организовав мощную кампанию по разложению колчаковских формирований.
Чтобы нормализовать взаимоотношения с японцами, адмирал отправился в Токио. Встретился для переговоров с начальником Генштаба Ихарой и его помощником Танакой. От решения вопроса о положении в зоне КВЖД они уклонились, предложив вместо этого отдохнуть и подлечиться на своих курортах. Колчак воспользовался приглашением, тем более что обстановка в России менялась не по дням, а по часам. По Сибири, Уралу, Поволжью катилась волна восстаний. Харбин со своими мелочными интригами вообще отходил на задний план.
Едва освободилась Сибирская магистраль, он выехал в Россию. Как частное лицо. Первоначально Колчак намеревался пробраться в Добровольческую армию Деникина. Изо всех белых образований она больше всего отвечали его идеалам. Да и места там были знакомые — Черное море, флот. Где-то в Севастополе остались жена и сын.
Но Колчак оказался той самой крупной и авторитетной фигурой, которой не хватало сибирским белогвардейцам для объединения и руководства. Этой фигурой не стал Корнилов, стремившийся в Сибирь, но убитый под Екатеринодаром. Этой фигурой не стал Алексеев, собиравшийся в Сибирь, но умерший от болезни. И когда на горизонте возник Колчак, многие взоры моментально потянулись к нему. Уже по дороге с ним начались переговоры, а прибыв в Омск, он 4.11 принял должность военного и морского министра в правительстве Директории. Почти сразу отправился в первую поездку по фронтам.
Момент был критическим. Белые только что потеряли Ижевск, лихорадочно готовили оборону по Уральскому хребту. Большевики накапливали силы дли удара по северному флангу. Армия была недовольна Директорией, дезорганизующей «керенщиной» и фронт, и хозяйство. Резкий кризис наступил вследствие капитуляции 3 ноября Австро-Венгрии: чехословаки отказались от дальнейшего участия в боевых действиях и потребовали отправки домой, фронт оказался под угрозой развала. Спасти ситуацию демагоги из Директории были не в состоянии. Точно так же, как завел Россию в тупик Керенский, Сибирь и Урал вел в тупик его помощник Авксентьев. И точно так же власть повисла в воздухе, не имея под собой никакой реальной опоры — бери ее, кто хочет.
В ночь на 17 (30) ноября в Омске восстало Сибирское казачество, требуя отставки Директории и установления сильной военной власти, способной организовать и возглавить борьбу против большевиков. Казаки и офицеры арестовали «левую» часть Директории — Авксентьева, Зензинова. Премьер-министр Вологодский созвал экстренное заседание совета министров, на котором было решено передать руководство военному командованию. Согласно принятому "Положению о временном устройстве власти в России", эта власть передавалась единоличному Верховному Правителю и совету министров. В качестве кандидатов на высший пост рассматривались трое — главнокомандующий войсками Директории генерал Болдырев, вице-адмирал Колчак и управляющий КВЖД Хорват.
Болдырев утратил всякий авторитет, возглавляя армии «Учредилки» и Директории и участвуя в бестолковой политике этих правительств. Хорват жил реалиями Дальнего Востока и давно оторвался от русской действительности. Колчак же был известной личностью, обладал авторитетом в самых различных кругах, имел хорошие связи с союзниками — в него верила армия. Постановление гласило:
