Бернадот колебался. Мешала ли ему сделать выбор приверженность к конституции, законности и порядку? Или главной причиной была его природная осторожность и нерешительность? Как бы то ни было, но он оставлял двери открытыми и для роялистов, и для их противников.
Бернадот сразу показал, что может сделать для страны честный и усердный министр. Когда он пришёл в министерство, то увидел там одни руины, оставленные предшественником Миле- Мюро, а через два месяца на их месте возникло стройное и крепкое здание. Уходя с поста военного министра осенью 1799 года, он не обогатил свой личный карман ни одним су. Сиейес ревниво следил за деятельным министром, и его личная неприязнь к Бернадоту тоже сыграла свою роль в отставке. «Мы ничего не значим, — как- то съязвил бывший аббат, — никто нас не замечает, правительство состоит из одного только военного министра». Другой раз, услышав речь Бернадота, полную патетики и патриотических призывов, он сказал: чВон идёт гусь лапчатый, возомнивший себя орлом!» В стране снова поднимали голову якобинцы, и Баррас с Сиейесом боялись, что Бернадот примкнёт к ним и сбросит их в одну ночь на свалку истории. Мнительному аббату всё время чудился Бернадот в образе Катилины.
Как и предполагалось, Бернадот оказался слишком честным и самостоятельным для Сиейеса: когда Сиейес стал предпринимать попытки сделать военного министра орудием исполнения своих личных планов, терпение Бернадота лопнуло, и он подал в отставку. Сыграл свою отрицательную роль и холерик Массена, заявивший, что пока «гасконский шарлатан» возглавляет военное министерство, он не может командовать Дунайской армией и выполнять его приказы. Бернадот, ещё не привыкший к методам подковёрной борьбы, в то время плохо переносил интриги и закулисные маневры и попытался в отношениях с Массеной сохранять терпение и такт. Он был из тех якобинцев, которые ещё сохраняли верность конституции страны, а не её руководителям.
Отставка была оформлена в лучших иезуитских традициях. 14 сентября 1799 года, во время беседы с Бернадотом по поводу организации т.н. Северной армии, Сиейес, наградив его лицемерными комплиментами о заслугах на посту военного министра, сказал с масляной улыбочкой на губах:
— Нас не удивит, что человек с вашими полководческими талантами сохранил желание при уходе из министерства принять командование над какой-либо армией, которое воодушевит вас...
Бернадот ответил, что, после того как он привёл министерство в надлежащий порядок, его лучшей наградой будет возвращение к своим братьям по оружию. Он и понятия не имел, что этот ответ послужил его ходатайством об отставке. Уже на следующее утро он получил от Сиейеса следующее послание:
