Заслуга Бетанкура заключалась не только в том, что он засеял французские семена в испанскую почву, — он теоретически переосмыслил учебные планы Политехнической школы в Париже (Ecole Polytechniqe), Парижской школы мостов и дорог (Ecole des Ponts et Chaussees) и Высшей нормальной школы (Ecole normale superieure). При этом базой для создания Мадридской школы, как уже было сказано, явился Королевский кабинет машин в Буэн-Ретиро. Это отличало учебный процесс в Испании от учебного опыта Франции — в Париже за учебной партой ещё не изучали паровые машины двойного действия.
Ещё в 1799 году Бетанкур выкупил у государства ткацкую фабрику в Авиле и переоборудовал её машинами и станками собственного изобретения. Фабрика выпускала материю из набивного хлопка. Для Испании, особенно для центральной её части, производство было революционным: основные текстильные мануфактуры располагались в Каталонии, а само изготовление хлопчатобумажных тканей в Европе было открыто впервые только в 1772 году в Англии. Однако преподавательская работа отнимала у Бетанкура много времени и не позволяла ему заниматься бизнесом в полную силу, поэтому фабрика оказалась нерентабельной.
Кроме того, Бетанкуру приходилось часто бывать при королевском дворе и принимать участие во всякого рода увеселениях; к ним он относился, с одной стороны, с равнодушием, но с другой — отлично понимая, что это часть его повседневной работы. Именно благодаря частому пребыванию при дворе он смог добиться, чтобы казна вернула себе фабрику в Авиле, а ему возместила издержки, понесённые при модернизации производства. К этому времени долги фабрики достигли двух миллионов реалов. Несмотря на тяжелое финансовое положение самого монарха, он удовлетворил прошение Бетанкура и выкупил предприятие.
Но положение Бетанкура стало не намного легче. В испанской казне совсем не было денег на крупные инженерные проекты, интересовавшие учёного. Все деньги съедал непомерно раздутый военный бюджет и неоправданно высокие расходы на содержание королевского двора. Чтобы пополнить казну, без зазрения совести продавались чины, должности, звания и привилегии. При этом государство не имело флота, а войска находились в жалком состоянии. Чтобы угодить Наполеону, «князь мира» отправил один корпус, под начальством генерала Офарильи, в Тоскану, а другой, в количестве четырнадцати тысяч человек, под командованием маркиза Ла-Романа, — в Данию.
Таким образом, Испания лишилась лучших своих солдат, тогда как под предлогом войны с Португалией на Пиренейский полуостров вторгся двадцатичетырехтысячный французский контингент под командованием маршала Жюно.
После Трафальгарского сражения торговля с Вест-Индией почти полностью замерла. Фабрики и мануфактуры пришли в упадок. В это время Бетанкур принимает решение уехать в Париж, и, к его удивлению, Карл IV его с легкостью отпускает. Через несколько лет из России он напишет старшему брату Хосе:
В мае 1807 года Бетанкур навсегда покинул Испанию. Через несколько недель после его отъезда в Мадриде начались народные волнения, которые привели к отставке Годоя. Под давлением королевы и для спасения Мануэлито Карл IV отрёкся от престола в пользу своего сына Фердинанда, но, как только дело было сделано, написал Наполеону письмо с отзывом своего отречения. Бонапарт воспользовался моментом и, пригласив в Байонну Карла IV и его сына, лишил того и другого короны, надев её на голову своему родному брату Иосифу, взошедшему на испанский престол под именем Хосе I.
Многие из друзей и коллег Бетанкура присягнули новому монарху. Среди них профессор Хосе-Мария де Ланц, а также освобождённый из тюрьмы Мариано Луис де Уркихо. Властитель дум — писатель, юрист, экономист и общественный деятель эпохи Просвещения Гаспар Мельчор де Ховельянос тоже встал на сторону французов. Этих людей простые испанцы стали презрительно называть Zosefinos или Afrancesados — офранцуженные. Бетанкур ни в коем случае не хотел принадлежать к когорте предателей. К тому же он не мог простить французам, что они сожгли и растащили его коллекцию в Королевском кабинете машин во дворце Буэн-Ретиро, а в Мадридской школе дорог, каналов и портов подожгли архив, практически полностью выгоревший.
