Рассорившись с Шиканедером из-за «Пламени Весты», Бетховен вовсе не хотел разрывать отношений с Ан дер Вин. Поэтому он принял предложение Зонлейтнера написать оперу на совсем другой текст, пусть и не оригинальный. Источник либретто был французским, и Бетховену это нравилось, поскольку он продолжал мечтать о поездке в Париж. Отношения между Австрией и Францией в 1803–1804 годах переживали короткий период потепления, и Ан дер Вин взялся за постановку ряда французских опер. В конце XVIII века во Франции сложился особый тип оперных сюжетов, которые позднее стали называться «оперой спасения». Героями таких произведений были совершенно разные люди, от королей до крестьян. Главный герой попадал в опасное положение, грозившее ему смертью, но с помощью верных друзей и помощников в решающий момент оказывался спасённым.
Именно такое либретто Зонлейтнер предложил Бетховену. Оно называлось «
Первые эскизы «Леоноры» появились у Бетховена уже в начале 1804 года. Он начал с арии Марцеллины — юной дочки тюремщика Рокко, влюблённой в мнимого юношу Фиделио и не догадывавшейся о том, что на самом деле это переодетая в мужской костюм Леонора, жена тайного узника Флорестана, которая нанялась в помощники Рокко, чтобы узнать что-нибудь о судьбе своего мужа. По законам жанра простушка Марцеллина должна была бы мечтать о любви в идиллическом мажоре. Но Бетховен начал оперу с несколько тревожного до минора, словно бы намекавшего на серьёзность последующих коллизий.
Совершенно понятно, почему этот незатейливый текст понравился Бетховену: он содержал ключевое слово «надежда», ставшее для него самого жизненным девизом. Осенью 1802 года ему казалось, что его жизнь кончена; осенью 1803 года он ощущал себя отвергнутым и несчастным, но к лету 1804 года те чувства, которые владели героями его оперы, воспринимались им как его собственные.
Несомненно, больше всего его вдохновлял образ Леоноры — безупречно верной жены, способной ради спасения мужа на подвиг. По ходу сюжета Леонора, выдающая себя за юношу Фиделио, вынуждена вместе с тюремщиком Рокко рыть в подземелье могилу своему супругу Флорестану, приговорённому тираном Пицарро к смерти без суда и следствия. В решающий момент Леонора бросается между Флорестаном и Пицарро, открывает своё имя и наставляет на злодея пистолет. Сигнал трубы, возвещающий о прибытии Министра, делает тайное убийство узника невозможным. Преступления Пицарро разоблачены, народ славит освобождение от тирании и воспевает подвиг Леоноры.
Сочинение этой оперы, пока ещё носившей исконное название «Леонора, или Супружеская любовь», происходило параллельно с развитием романа между Бетховеном и графиней Жозефиной Дейм, овдовевшей 27 января 1804 года и родившей своего последнего, четвёртого ребёнка от этого брака, девочку Йозефу (Зефину), 24 февраля. Граф скончался от воспаления лёгких в Праге, куда супруги поехали навестить его родственников. Жозефина внезапно превратилась из любимой балованной жены в несчастную вдову, мать четверых маленьких детей, и владелицу большого, но обременённого долгами наследства. Всё требовало её забот, а она плохо разбиралась в финансовых делах и пребывала в тяжёлой депрессии. Младшая сестра Шарлотта Брунсвик, жившая тогда с Жозефиной в Вене, писала родным о сильных головных болях, мучивших Жозефину, и о нервических припадках, во время которых она то рыдала, то смеялась.
