К новой версии оперы Бетховен написал увертюру, известную впоследствии как «Леонора № 3». На премьере 1805 года исполнялась «Леонора № 2», а обнаруженная лишь после смерти композитора ещё одна увертюра была сочтена самой ранней и получила наименование «Леонора № 1» — что, как выяснилось в XX веке, не соответствовало истине. На самом деле «Леонора № 1», будучи самой простой из трёх, была написана, вероятно, в 1807 году для несостоявшейся постановки оперы в Праге. В «Леоноре № 1» из прежнего материала осталась только цитируемая в среднем эпизоде лирическая тема арии Флорестана — тема, которая была несказанно дорога Бетховену.
Вторая редакция оперы была поставлена в Театре Ан дер Вин 29 марта 1806 года. И… вновь снята с репертуара уже после второго спектакля 12 апреля. Однако на сей раз — не по причине провала (успех не был триумфальным, но отзывы очевидцев и критиков позволяют говорить по крайней мере о заинтересованном приёме). Виной случившегося стал закулисный скандал, разыгравшийся, по-видимому, 11 апреля 1806 года. О подробностях случившегося известно опять же со слов Рёккеля, певшего партию Флорестана.
«Дирекция обещала композитору тантьему, а мне, поскольку я добровольно взялся исполнить объёмистую партию, не входившую в мои обязанности, причитался дополнительный гонорар. <…> Дожидаясь обещанного в прихожей директорского кабинета барона Брауна, я стал свидетелем бурной ссоры, разыгравшейся в соседней комнате между ним и разгневанным композитором. Бетховен был недоверчив и полагал, что полагавшаяся ему доля дохода должна быть больше, нежели начислил придворный банкир, являвшийся одновременно директором Театра Ан дер Вин. Последний, однако, заметил, что Бетховен — первый композитор, которому, ввиду его исключительных заслуг, предоставлена доля от сбора, и объяснил недостаточность суммы тем, что присутствовала лишь публика в абонированных ложах и в креслах партера, зато пустовала галёрка, обычно заполненная толпой, которая и даёт хорошие сборы на операх Моцарта. При этом барон подчеркнул, что музыка Бетховена до сих пор обеспечивала лишь присутствие образованной аудитории, в то время как оперы Моцарта вызывали всенародный энтузиазм и привлекали в театр толпы слушателей. Бетховен раздражённо забегал по комнате и вскричал:
— Я пишу не для толпы! Я пишу для образованных!
— Но они не заполняют зал, — спокойно возразил барон. — Чтобы обеспечить доходы, нам нужно присутствие толпы. А поскольку вы не хотите делать для неё в своей музыке никаких уступок, то и недостаточность тантьемы следует отнести на ваш счёт. Если бы мы платили Моцарту такую же долю от сборов при исполнении его опер, он бы стал богачом!
Это пренебрежительное сравнение со знаменитым предшественником задело Бетховена больнее всего. Не говоря больше ни слова, он подскочил и в яростном гневе вскричал:
— Верните мне мою партитуру!
Барон застыл на месте, поражённо уставившись на раскрасневшееся лицо гневного композитора, который с угрожающей страстностью повторил:
— Я требую мою партитуру! Немедленно!
Барон позвонил. Вошёл слуга.
— Партитуру вчерашней оперы — этому господину, — сказал он, и слуга быстро исполнил приказ.
— Мне жаль, — проговорил далее барон, — но я думаю, что, спокойно рассудив, вы…
Бетховен ничего не хотел больше слушать, он вырвал из рук слуги гигантскую партитуру и, даже не заметив моего присутствия, пронёсся через прихожую и выбежал вниз по лестнице.
Через несколько минут барон принял меня. Этот сдержанный человек не мог до конца скрыть овладевшую им лёгкую дрожь. Похоже, он понимал, какого сокровища лишился, и обратился ко мне:
— Бетховен погорячился и поторопился. Вы способны повлиять на него, предложите ему от моего имени всё, что он захочет, дайте любые обещания, чтобы его сочинение вернулось на нашу сцену.
Я взял на себя эту миссию и поспешил вслед за разгневанным мастером в его уединённое убежище. Но всё было напрасно, он никак не хотел успокоиться, и вторая версия „Фиделио“ оказалась запертой в его шкафу, из которого этот шедевр оказался извлечён лишь 17 лет спустя ради своенравной звезды оперной сцены — юной Шрёдер-Девриент, и, подобно воскресшему Фениксу, восстал из забвения».
