To расширение фактологической базы, к которому привела молекулярная генетика в конце XX столетия, по масштабу вполне сопоставимо с освоением систематикой эмбриологических данных в начале XIX столетия. То прежнее событие имело глубокий натурфилософский смысл, существенно обогатив систематику представлениями о путях формирования организмов и став одной из предпосылок для формирования ранних идей трансформизма (см. 4.3.1). Геносистематика же с онто-эпистемологической точки зрения являет собой пример редукционного подхода, весьма обедняющего представления о предпосылках и содержании классификационной деятельности. В ней организмы редуцируются до последовательностей аминокислотных оснований, эволюция редуцируется до изменений этих последовательностей, а филогенетическая близость – до фенетически интерпретируемого сходства по этим же последовательностям. Редукция организмов до фрагментов ДНК особенно проявляется в том разделе гено систематики, который исследует так называемую «средовую ДНК» (environmental DNA), извлекаемую из почвенных проб (Огеп, 2004). Филогенез же сводится к «деревьям генов» – т. е. по сути к отдельным молекулярным семогенезам, которые выдаются за «деревья таксонов» и непосредственно переводятся в классификации без учёта специфики таксономических концепций и процедур, в результате происходит подмена систематики генофилетикой (Wheeler, 2008b).
В геносистематике игнорируется то принципиально важное обстоятельство, что молекулярные структуры – это те же морфоструктуры, как и исследуемые классической морфологией, и что поэтому при анализе молекулярных данных неизбежно возникают те же проблемы, как и в случае макроморфо логических структур, давно разрабатываемые классической морфологией (Воронцов, 2005; Mooi, Gill, 2010). В частности, справедливо указывается (Patterson, 1987; Doyle, 1992, 1997; Maddison, 1997; Doolittle, 1999, 2005), что игнорирование системного отношения «целое-часть», которое принципиально важно при установлении гомологий и выделении признаков, приводит к более чем упрощенной их трактовке на условиях операционализма.
Несмотря на ультраредукционный характер (или, возможно, именно благодаря этому) молекулярно-филогенетические и молекулярно-таксономические разработки в настоящее время наиболее популярны, если судить по числу соответствующих публикаций. На этом основании один из признанных лидеров молекулярной филогенетики Дж. Фельзенштайн в несколько шутливой форме объявил, что «основал четвёртую великую школу систематики – школу „
Примечательно, что некоторые новейшие подходы систематики фактически возрождают родовые черты схоластического этапа её развития (о нём см. 3.2). Так, в кладистической систематике одна из идей – отказ от фиксированных линнеевских рангов и разработка так называемых безранговых классификаций (Griffiths, 1976; Queiroz, Gauthier, 1992; Ereshefsky, 1997,2001a,b,с; см. 5.7.4.5): это соответствует условию бесконечной дробимости промежуточных родов логической родовидовой схемы. В геносистематике отстаивается другая идея: выделение таксонов и выстраивание классификаций по единому набору генетических маркеров. Она фактически возрождает схоластический принцип единого основания деления, от которого биологическая систематика старательно освобождалась начиная с середины XVIII столетия (см. 4.1). Такой подход положен в основу построения вышеупомянутого молекулярного «дерева жизни» и более частного метода так называемого
