Вдовый герцог собирался снова жениться и поручил прелату усовершенствовать воспитание своего старшего сына: в течение трех лет ребенок получал образование просвещенного человека и военного. Имея в своем распоряжении княжеский дом в столице, окруженный многочисленными слугами, он соответствовал рангу кузена суверена Арагона. Чтобы придать еще большее значение своим родственным связям с королевским домом, он нанес визит своей прабабке Марии де Луна, вдове Энрико Энрикеса — великого командора Леона. Старая дама жила далеко на юге, в цветущем городе Баэса в королевстве Гренада. Во дворце жили монахи из ее семьи, которых она приютила во время волнений в Гандии. Едва приехав туда, юноша тяжело заболел. Болезнь продолжалась около полугода, и все это время он должен был лежать. Во время подземных толчков Франциска вывезли из города, и он лежал на носилках посреди поля еще сорок дней, поэтому у него было достаточно времени, чтобы размышлять о бренности бытия. Но тринадцатилетнему наследнику герцога неприлично было долго учиться или уединяться в пустыне. Его нужно было представить ко двору: в соответствии с традицией он должен был стать пажем. Он уехал в Тордесильяс. Там держали взаперти несчастную королеву Жанну Безумную — она не покидала прах своего мужа. Рядом с ней была ее дочь Екатерина. Она родилась в январе 1507 года через четыре месяца после смерти отца и постоянно жила с сумасшедшей матерью. Теперь ей исполнилось 16 лет. Франциск особенно к ней привязался. Считалось, что служба в Тордесильяс была наказанием. Отнюдь — королева по-прежнему жила в роскоши. Но все события, происходившие в мире, доходили сюда в весьма сглаженном виде, а реальная власть принадлежала Карлу V — сыну королевы.
В спокойной обстановке этого дворца, подобно гандийскому украшенному разноцветной росписью, — мавританское наследство — только журчание фонтанов в цветущих патио умиротворяюще действовало на безумную королеву и ее беззаботную дочь. За два года, проведенных там, Франциск забыл о семейных несчастьях. Его чрезмерная набожность уменьшилась благодаря общению с принцессой. Но в 1525 году Екатерине пришлось покинуть королевство, чтобы вступить в брак с королем Жуаном III Португальским. Ее пятнадцатилетний паж хотел было последовать за своей повелительницей, но герцог, его отец, не разрешил ему уехать. Он не хотел, чтобы его наследник покидал землю Испании. Начиная с 1520 года герцог Гандийский по приказанию Карла V был внесен в список двадцати грандов первого класса. Эта честь давала особую привилегию не обнажать голову в присутствии короля и право беседовать с ним как с близким родственником. Герцог хотел, чтобы после каникул в Тордесильяс его старший сын возобновил учебу, чтобы впоследствии он смог занимать высшую должность в государстве. Поэтому он заставил его вернуться в Сарагосу под опеку архиепископа. Там Франциск прожил до семнадцати лет, изучая риторику и философию.
Юный Франциск превратился в совершенного придворного — великолепного наездника, ловкого охотника, победителя в турнирах, лучше всех сражавшегося с быками на арене. От других молодых людей его отличала только его необычайная скромность, сдержанность в обращении с женщинами и ужас по отношению к низкопробным удовольствиям и азартным играм.
Такое странное поведение представителя семьи Борджиа скорее всего объясняется той набожностью, которой было проникнуто его детство, но еще и тем, что молодой человек стыдился любого намека на пороки римского двора. Его повелитель Карл V воевал тогда с Климентом VII, и считалось хорошим тоном осуждать римские излишества, вспоминая времена Александра VI. Франциск Гандийский с ужасом узнал, что месть господня покарала Вечный город рукой его короля. В 1527 году солдаты Карла V взяли Рим штурмом. Многие из них, бывшие приверженцами недавно появившегося учения Лютера, хотели наказать папу, которого они считали Антихристом. Церкви были разграблены, священники убиты, монахини изнасилованы, а понтифик спасся только благодаря быстрому отступлению за крепкие стены замка Сант-Анджело. Это исключительное по своей жестокости преступление привело в ужас не только его жертвы, но и того, кто его совершил — императора Карла V, — ведь для него естественно было защищать христианство. Все это потрясло юного Франциска Гандийского. В глубине души он пришел к убеждению, что причиной этого были мировой грех и последствия грехов его семьи. Одна неожиданная встреча дала ему возможность увидеть лицо того, кто поможет ему примириться с Небом.
Франциск проезжал верхом по Алькала-де-Энарес в компании с молодыми дворянами, когда вдруг увидел человека, которого люди Инквизиции тащили в тюрьму. Он остановился, чтобы получше рассмотреть его, казалось, что лицо пленника озарял какой-то внутренний свет. Он попросил рассказать ему его историю.
