Другие историки, напротив, отказываются видеть в Лукреции
Скромное рождение «римского инфанта» не помешало ходу переговоров папы и Чезаре с неаполитанским двором по поводу брака Лукреции и принца Альфонса. Король Фредерик тем более благосклонно был настроен к этому браку, что с помощью папы он только что разгромил своих врагов-баронов семьи Сан-Северино — и теперь праздновал победу. 13 февраля 1498 года он с триумфом вошел в свою столицу. Укрепление союза папы и арагонской династии Неаполя было необходимо как никогда. Политика Александра VI была направлена на то, чтобы сделать невозможным возвращение французов в Италию: это была одна из причин, по которой он хотел добиться от Флоренции устранения Савонаролы, бывшего в тосканской республике самым стойким сторонником короля Франции.
Утешительное письмо, присланное в момент убийства герцога Гандийского, временно усмирило гнев папы. Но период покаяния закончился, и 19 июля 1497 года Александр VI снова поставил флорентийской сеньории суровые условия, предварявшие отмену бреве, которым Савонарола отлучался от церкви: брат Джироламо должен будет оправдаться в Риме, если только он не согласится вступить в римско-тосканскую конгрегацию, находящуюся под непосредственной властью папы. Об этом ультиматуме во Флоренции узнают в тот момент, когда там свирепствовала эпидемия чумы, за лето убившая множество людей. Сторонники Медичи воспользовались беспорядками, сопровождавшими это ужасное бедствие, чтобы составить заговор. В самый последний момент он потерпел неудачу, и в назидание пятеро заговорщиков были приговорены к смерти. В атмосфере гражданской смуты Савонарола решает не увеличивать своим упрямством несчастья соотечественников. 13 октября 1497 года он решается просить прощения у суверена-понтифика.
«Как дитя, страдающее при виде разгневанного отца, пытается любыми путями и средствами смягчить его и не теряет надежду, что он сжалится над ним, так и я, терзаемый отказом Вашего Святейшества в милости Вашей, снова припадаю к вашим стопам, умоляя услышать наконец крик моей боли и позволить мне вернуться в лоно Церкви».
Этой покорности папе недостаточно, он хочет извлечь из нее политическую выгоду. Перед тем как отпустить Савонароле его грехи бунтовщика, он требует, чтобы Флоренция вступила в антифранцузскую лигу вместе с Римом и Венецией с целью обезопасить себя от новой экспедиции в Италию, которую затевает Карл VIII.