Отпускать ребенка в казенное учебное заведение «тетушка» не хотела ни при каких обстоятельствах, да и не слишком ждали в гимназиях вольноотпущенных крепостных. О домашнем обучении Бородина рассказал, что мог, его брат Дмитрий: «Твердо знаю, что брат оставался слабым, болезненным, худеньким ребенком лет до тринадцати. Родственники даже советовали матери не очень-то учить его, полагая, что у него чахотка и что ему и без того недолго жить. Как потом довольна была мать, что не послушала увещеваний родных и продолжала образование и воспитание брата, который был чрезвычайно понятлив, способен, прилежен и отличался при занятиях замечательным терпением… Математику преподавал бывший впоследствии моим товарищем по службе Александр Андреевич Скорюхов, человек пьющий, но замечательно умный и знавший свое дело. Английскому языку обучал Ропер, человек очень добродушный, но недалекий англичанин, служивший гувернером в Коммерческом училище. Придя на урок, он каждый раз заявлял матери весьма наивно, что он вспотел, почему у него „рыже под мышками“. Это изречение, кажется, только и составляло всю достопримечательность этого педагога. Чистописанию, рисованию и черчению обучал Филадельфии, бывший, кажется, учителем Первой гимназии. Это был семинарист, очень неряшливо одевавшийся, с длинными черными волосами и весьма угрюмый. Немец Порман преподавал фортепианную игру. Это был методический и терпеливый человек, не носивший ни усов, ни бороды. Преподавателем он был немудрым. По-французски и по-немецки брат говорил совершенно свободно благодаря тому обстоятельству, что в доме у нас проживала девица-немка Луизхен в качестве домоуправительницы и компаньонки матери…» Были и другие преподаватели, некто неизвестный обучал Сашу латыни.
В 1846 году Федоров отправился в Царское Село навестить своего учителя физики в Сиротском институте и взял с собой Сашу. Учителя звали Роман Петрович Щиглёв, он также вел математику в Царскосельском лицее в звании адъюнкт-профессора. С одним из его сыновей, Михаилом, годом младше, Саша для первого знакомства подрался, а потом на всю жизнь подружился. Отец готовил Мишу к поступлению в лицей, но Федоров каким-то образом уговорил его поселить мальчика в доме вдовы Клейнеке и готовить в Первую гимназию (благо она находилась в пешей доступности).
Больше всего мальчиков сблизила музыка — Саша сразу же поразил нового друга необыкновенными способностями. Миша уже некоторое время брал уроки фортепиано у вышеупомянутого Пормана, теперь у немца появился новый ученик. Самостоятельно мальчики переиграли в четыре руки все симфонии Бетховена и Мендельсона — до того, что выучили их наизусть. Сочинял Саша в это время тоже ансамбли: струнное трио на тему из «Роберта-дьявола» Мейербера, концерт для флейты и фортепиано, ноты которого якобы выпросил его учитель-флейтист и не вернул. В ноябре 1848 года Саша переложил для флейты, скрипки, виолончели и фортепиано увертюру к «Дон Жуану» Моцарта.
Если прежде Бородин слышал, по-видимому, только военный оркестр, то Щиглёв, живя в Царском, посещал с родителями концерты оркестра Йозефа Германа в Павловском вокзале. Благодаря другу Саша стал завсегдатаем концертов Иоганна Гунгля (сменившего в Павловске Германа) — часто с вполне серьезной программой. Воскресные утренники любительского оркестра профессоров и студентов Петербургского университета под управлением Карла Шуберта друзья тоже никогда не пропускали. Самое пылкое поклонение меломанов вызывала тогда Итальянская опера: юный Цезарь Антонович Кюи тратил на нее все свои свободные средства, юный Менделеев с таким увлечением аплодировал и вызывал примадонну, что у него пошла горлом кровь. Неизвестно, когда Бородин впервые вкусил прелесть
По иронии судьбы из двух друзей именно Щиглёв стал профессиональным музыкантом: преподавал пение в Военно-фельдшерской школе при Военно-медицинской академии, немного сочинял, дирижировал любительскими хорами. С поиском места ему почти всякий раз помогал Бородин, а в 1887 году уже его вдова просила Стасова устроить куда-нибудь «бедного Щиглёва», и тот напоследок стал преподавателем Регентских классов Певческой капеллы. В 1897 году композитор Николай Черепнин встречал единственного человека, которому удалось подраться с Бородиным, на «беляевских пятницах»: «Неизменно сиживал с нами добрейший, необыкновенно приятный и милый старичок, Михаил Романович Щиглёв, ученик Даргомыжского…»
