Ноксу сильно не хватало его семьи. Он постоянно писал Мэрджори в Женеву и просил ее прибыть вместе с детьми в Шотландию. В конце 1559 года они наконец-таки встретились с ним в Сент-Эндрюсе. Из-за царившего в Шотландии насилия миссис Боуз вернулась в Англию и некоторое время жила там.
Франция являлась важным политическим и религиозным союзником регентши; та же чрезвычайно нуждалась в ее помощи. Французы ответили на просьбу регентши согласием и прислали в Шотландию свои войска, чтобы помочь ей победить во вспыхнувшей гражданской войне. Вражеские войска высадились на берег в январе 1560 года; партизанская война между ними и протестантами проходила в глубоком снегу.
Нокс отправил Елизавете I письмо с просьбой срочно вмешаться и защитить свои интересы в Шотландии. Еще до получения этого письма она отправила на помощь шотландцам флот, состоявший из четырнадцати кораблей, который возглавлял один из ее лучших капитанов.
В то время французы опустошили Файф. Они грабили дома и вешали их обитателей. Протестанты мало что могли противопоставить мощной французской армии. Регентша, к тому времени уже серьезно больная, измученная подагрой и водянкой, услышав новости, засмеялась и сказала: "И где же теперь Бог Джона Нокса? Мой Бог сейчас гораздо сильнее".68
Протестанты презирали регентшу за ее безжалостность. Однажды отряд французских солдат убил нескольких британцев, после чего французы сняли с тел всю одежду и повесили их на стене в лучах солнца. Регентше зрелище пришлось по душе, и она сказала, что никогда еще не видела такого прекрасного гобелена, пожелав, чтобы он стал еще больше.
На протяжении следующих шести месяцев британцы и французы сражались за Шотландию, и, казалось, успех сопутствовал французам. Нокс, однако, не был пассивным все это время. Поскольку большинство людей принимало участие в войне, мало кто мог слушать его проповеди, поэтому он продолжил писать книги, а также начал создавать церковную систему, основанную на кальвинистских убеждениях людей, пребывавших в замке Сент-Эндрюс.
В скором времени каждый протестант был обязан по воскресеньям посещать церковь при замке. Этот закон со всей строгостью воплощался в жизнь. Благодаря введенному обязательному посещению Нокс получил возможность выступать с проповедями перед удрученными неудачно складывавшимся ходом войны солдатами и вдохновлять их снова бросаться в бой. Нокс яростно проповедовал о том, что они уступают, так как надеются не на Бога, а на человека. Реформатор громогласно говорил: "Да, независимо от того, что станет с нами и нашими бренными телами, я не сомневаюсь, что (вопреки сатане) наше дело победит в Шотландии. Ибо мы боремся за истину вечного Бога, и она восторжествует..."69 Слова Нокса и его внутренняя сила вдохнули новую жизнь в сердца воинов-протестантов.
Когда уже начало казаться, что Шотландия проиграет битву за свою свободу, пришла помощь. В страну ворвалась британская армия и взяла верх над французскими войсками. Регентша Мэри, будучи в то время уже очень больной, попросила о предоставлении ей убежища в Эдинбургском замке, который являлся нейтральной зоной. Убежище ей было предоставлено.
Спустя некоторое время Нокс узнал, проповедуя в Эдинбурге, что Мэри умерла. Это произошло утром 11 июня 1560 года. Вместе с ее смертью прекратилась и борьба за Шотландию. В июле французы и британцы покинули эту страну.
Позже стали говорить, что Нокс наконец-то расквитался с регентшей, молясь о ее смерти.70
Сразу же после ухода французских и английских войск шотландский парламент стал проводить регулярные заседания. Между ним и Мэри, королевой шотландцев (когда та вернулась из Франции), было подписано соглашение, согласно которому нацию должны были возглавить королева и парламент. Нокс предложил провести благодарственный молебен. Впоследствии он стал регулярно выступать в парламенте с проповедями.
В августе 1560 года парламент проголосовал за то, чтобы упразднить католицизм и вместо него сделать национальной религией протестантизм. Было решено также полностью отказаться от папской власти. Вместе с ней исчезли колокола, чаши, латинские богослужения, статуи, распятия, поклонение Деве Марии и святым, заупокойные молитвы, вера в чистилище и различные сложные ритуалы. Их место заняло скромное богослужение, наполненное пылкими проповедями, изучением Библии, молитвами и псалмами, которые пелись всеми прихожанами.
То была потрясающая победа Реформации, но теперь должны были быть установлены правила, которые вели бы народ в его вере. В поисках ответа люди обращались к Ноксу. Он с готовностью приходил к ним на помощь.
В том же месяце Нокс вместе с другими служителями представил символ веры, включающий в себя протестантские и кальвинистские убеждения. Парламент ознакомился с ним и проголосовал о принятии.