В отличие от своего первого появления в Женеве, когда он был всего лишь простым путешественником, теперь Кальвин вернулся в город известным проповедником, обладавшим огромным авторитетом и влиянием. Но даже несмотря на всю торжественность момента, ему по-прежнему было грустно от мысли о возвращении. Кальвин назвал свое возвращение "жертвой Господу".
Женева не жалела ничего для того, чтобы загладить свою вину перед Кальвином и успокоить его. Городские власти направили за ним в Страсбург высокопоставленного герольда и комфортный экипаж, запряженный двумя лошадьми. Они поселили всю семью Кальвина в прекрасно обставленном доме рядом с собором; из окна дома открывался чудесный вид на озеро. Даже несмотря на все оказывавшееся ему внимание, Кальвин прибыл в Женеву в сентябре 1541 года со слезами на глазах.
В тот момент, когда Кальвин и вся его семья проезжали через укрепленные городские ворота, друг реформатора Вире громко читал письмо Кальвина, в котором описывались его мысли, касавшиеся возвращения в Женеву. Одно предложение звучало следующим образом: "Нет ни одного места на этой земле, которого я боялся бы больше".37
Небывалое восхищение жителей и властей Женевы прибытием Кальвина лишь немного успокоило его. Через три дня после своего прибытия он сказал Фарелю: "Как ты и желал, я
приехал сюда. Пусть же Господь направляет меня для свершения блага".38 Когда Кальвин снова оказался за кафедрой первым в сентябре воскресным утром, он продолжил в том же духе, что и три года назад.
Кальвин, которого Женева знала ранее, обладал взрывным и неконтролируемым характером. Однако общение в Страсбурге со зрелыми, сдержанными людьми помогло Кальвину обуздать свои сильные эмоции. В своем письме Букеру он заверял, что будет вести себя выдержанно и с братской добротой относиться к людям.
Поборов на первых порах свой огромный страх, вызванный пребыванием в Женеве, Кальвин немедленно принялся за работу. Своей первостепенной задачей он считал организацию церкви. В этом деле опыт, приобретенный в Страсбурге, оказал Кальвину неоценимую помощь. Женевское правительство состояло из Малого Совета, Двухсот и Главного Совета.
Используя в качестве примера Слово Божье, Кальвин обозначил четыре неизменных служительских сана - пасторы, учителя, пресвитеры и дьяконы, - вокруг которых и было сформировано все устройство церкви. Эти четыре сферы деятельности покрывали собой полностью всю церковную жизнь - поклонение, образование, внутреннюю прочность и нравственную чистоту, а также дела любви и милосердия.
Подобная структура организации и управления протестантской церкви сохранилась вплоть до наших дней. Особенно она заметна в баптистских церквах; хотя должность учителя в них особо не выделяется. Единственными служениями, которым не нашлось места в структуре Кальвина, стали служения апостола и пророка (см.: Ефесянам 4:11). Своей ролью Кальвин преимущественно считал роль пастора, хотя, если быть более точным, он являлся учителем-апостолом.
В соответствии с определенным направлением Кальвин реформировал церковь: католикам подобный процесс был чуждый. Проведенная им реорганизация сделала протестантскую церковь того времени наиболее приближенной к библейским истинам. Несмотря на то, что Кальвин проигнорировал служение апостола и пророка, распределяя обязанности в церкви, он тщательно следовал Писанию. Благодаря своей несколько отличной организации и учению, эта часть протестантов стала известна как кальвинисты. Кальвинизм оказал влияние на тысячи известных проповедников, таких как Чарльз Сперджен, Джонатан Эдварде, Уильям Кэри и Дэвид Брэйнерд. Принципы кальвинизма присутствуют в жизни бесчисленного количества служений и сегодня.
В обязанности пасторов входило проповедовать Слово, наставлять, увещевать, отправлять таинства и совместно с пресвитерами производить внутри церкви структурные изменения. Они должны были посвящать себя посту и молитве, чтобы Слово Божье проповедовалось людям верно и безошибочно. Пасторы не должны были обременять себя постоянной поддержкой системы; также им не следовало изнуряться, посещая множество людей и заботясь об их нуждах. Вместо этого они могли помолиться за всех больных в городе, если их к этому побуждал Бог.
Кальвин был горячо убежден, что пасторы должны были посвящать себя исключительно Слову и молитве, потому что считал, что проповедование было подобно "посещению Богом, во время которого Он протягивает Свои руки, чтобы притянуть нас к Себе".39 Кальвин нетерпимо относился к пасторам, у которых недоставало чего-то из вышеперечисленного; они сурово наказывались.