Сохранив в неприкосновенности первоначальный госпиталь, как основу странноприимного братства, Раймонд де Пюи установил и первый Устав Ордена Святого Иоанна Иерусалимского, в основу которого лег Устав монашеского ордена августинцев. Для обеспечения госпитальерам возможности военной защиты паломников на дорогах Святой Земли, ведущих к Иерусалиму, Орден был разделен на три класса: рыцарей, которые должны были иметь благородное происхождение и выполнять как воинские, так и сидельческие обязанности; священников-капелланов, духовно окормлявших членов ордена; оруженосцев, которые должны были обслуживать представителей первого класса. В помощь им предусматривалась категория послушников (бельцов). Поощрялось также привлечение в Орден сестер-монахинь и послушниц. Все члены братства госпитальеров были обязаны верно служить своим религиозным и духовным идеалам.
В первые десятилетия своего существования молодой Орден, подобно большинству религиозных Орденов Западной Церкви, являлся составной частью строгой церковной иерархии. Однако, хотя Орден и оставался по своему юридическому статусу религиозной корпорацией, он, тем не менее, отличался по своему положению от других, «типичных» Орденов того времени, поскольку располагался не в христианской стране, а за ее пределами, на территории, над которой господствовали мусульманские правители. Благодаря этому обстоятельству Орден Святого Иоанна с момента своего зарождения оказался как бы в «зоне международной напряженности».
Вскоре Иерусалимский Госпиталь перерос рамки чисто религиозного объединения. Необходимость вооруженной защиты Церкви от неверных ставила перед госпитальерским братством военные и политические задачи, что обусловило его превращение в духовно-рыцарский Орден и было документально оформлено в Генеральном уставе Великого Магистра фра (брата) Гуго де Ревеля в 1272 г.
Булла римского папы Пасхалия II и последующие акты папы Луция II, выведшего иоаннитов из-под юрисдикции местных епископов, превратили Орден госпитальеров в суверенную корпорацию, независимую от светских властей и церковной иерархии на местах. Папы Адриан IV, Александр III и Иннокентий III также предоставили Ордену ряд привилегий, а папа Климент IV даровал главе Ордена титул “Великого Магистра Святого Госпиталя Иерусалимского и Настоятеля Рати Христовой”.
Постоянная необходимость самоотверженной и кровопролитной обороны Святой Земли от сарацин (мамелюков, арабов и турок-сельджуков, а затем и турок-османов), которые на протяжении столетий упорно пытались расширить границы исламского мира и пробиться в европейское Средиземноморье, как уже говорилось выше, поставила перед Орденом Святого Иоанна, наряду с его первоначальной, чисто благотворительной задачей, новую, военно-политическую, которая и предопределила дальнейшее развитие Ордена и его статус в рамках мирового содружества. Закрепленная в папских установлениях и дарованных иерусалимскими королями и неоднократно подтверждавшихся впоследствии венценосцами «Священной Римской Империи» привилегиях независимость Ордена иоаннитов от всех других государств и властей, как светских, так и духовных, а также общепризнанное за иоаннитами право иметь собственные вооруженные силы, флот и самостоятельно вести военные действия заложили основу его международного суверенитета. Главнейшими крепостями иоаннитов в Святой Земле были Аккон (Акка, Акра, Сен-Жан д’Акр или Птолемаида), Маргат и Крак-де-Шевалье. Последняя из вышеперечисленных госпитальерских твердынь обладала столь мощными укреплениями, что даже в период израильского вторжения в Ливан 1982 года все еще служила оплотом палестинским партизанам, выдерживая ракетно-артиллерийский обстрел израильтян.
