Однако наиболее существенным отличием лифляндских меченосцев от «классических» тамплиеров (как, впрочем, и от других крупных духовно-рыцарских Орденов) была непосредственная подчиненность первых не папе, а рижскому епископу (по чьей инициативе, собственно говоря, и возник «Орден Меча», хотя и утвержденный официально папой в Риме). Но, невзирая на эту изначальную подчиненность епископу Риги, ливонское «воинство Христово» с самого начала пыталось действовать по возможности самостоятельно, причем на этой почве между рижским епископом и братьями-меченосцами возникали серьезные конфликты, в особенности при дележе новоприсоединенных земель. Вероятно, этому способствовало и следующее обстоятельство. Обычно при организации очередного Крестового похода (например, в Святую Землю) папа римский издавал соответствующую буллу, в которой призывал рыцарей и простолюдинов на Святое дело (т.е. к конкретному «паломничеству»), а также назначал участникам предстоящего похода конкретного духовного наставника-руководителя из числа католических епископов. Однако в отношении Прибалтийского края, как «Удела Пресвятой Девы Марии», Апостольским престолом было сделано исключение. В 1204 г. папа римский Иннокентий III дозволил проводить для христианизации Ливонии регулярные наборы ополчений крестоносцев, сделав, таким образом, Крестовый поход в Ливонию «перманентным» (т.е. непрерывным или постоянным). Кстати, всего через 40 лет, в 1244 г., такую же привилегию – вести «непрерывный» Крестовый поход против язычников – получил от папы и Тевтонский (Немецкий) военно-монашеский Орден Пресвятой Девы Марии (Марианский Тевтонский Орден) в отношении Пруссии. Согласно папскому постановлению 1204 г., рижский епископ Альберт Буксгевден получал право и самолично призывать со всей Европы крестоносцев для поддержки своей миссионерской деятельности, и самостоятельно определять направления движения войск «пилигримов». Так что в данной ситуации назначения дополнительно еще специального духовного наставника для крестоносцев, в отличие от походов в Святую Землю, уже не требовалось. Видимо, магистр или геермейстер (нем. Heermeister, буквально: «войсковой начальник») Ордена меченосцев (имевший все основания считать себя более сведущим в военном деле, чем рижский епископ), в свою очередь, сделал и для себя следующее исключение, и начал планировать и осуществлять походы «воинства Христова» на язычников самостоятельно, уже без привлечения и благословения епископа Риги. С точки зрения геермейстера гладиферов, подобное поведение было тем более естественным, что самостоятельность действий тамплиеров-храмовников и госпитальеров-иоаннитов в Святой Земле на тот период была общеизвестна.
После длительного выяснения отношений между епископом Риги и «братством Христовым» сторонам удалось прийти к следующей договоренности: 2/3 новоокрещенных ливонских земель получал рижский епископ, а 1/3 – Орден меченосцев. Таким образом, уже к началу XIII в. в еще не покоренной окончательно Ливонии фактически сложилось двоевластие. Как рижский епископ, так и гладиферское Воинство Христово имели собственные печати, которыми скрепляли свои документы. На епископской печати 1224-1225 гг. была изображена фигура сидящего епископа, левой рукой державшего пастырский посох, а правой благословлявшего свою паству; причем в надписи на печати епископ именовался не «Рижским», а «Ливонским»(!). На печати Ордена меченосцев 1221—1232 гг. на фоне т.н. «дамасцировки» (характерного преимущественно для германской геральдики арабесковидного узора), были изображены крест, а под ним – меч острием вниз. Иногда встречается и другой вариант эмблемы Ордена меченосцев: на треугольном щите (характерной для ранней немецкой геральдики формы) изображен меч острием вниз, а над ним – не прямой, а Андреевский крест, перекладины которого с геральдическими «листками клевера» на концах, пересекаются на рукояти меча. Необходимо подчеркнуть, что, невзирая на все попытки «Ордена Меча» сравняться с рижским епископом в правах, печатью «владыки Ливонии» на тот период считалась именно епископская печать, ибо именно Альберт фон Буксгевден получил Ливонию в лен от папы Иннокентия III и от Императора «Священной Римской Империи» (начиная с 1207 г. сан и должность епископа Риги были неразрывно связаны с титулом князя Римской Империи), в то время, как ливонский «Орден Христа» официально продолжал считаться подчиненным рижскому епископу.
