В отличие от меченосцев, подчиненных изначально рижскому епископу, рыцари Тевтонского Ордена подчинялись непосредственно папе (хотя эта подчиненность, как мы видели выше, и не помешала тевтонам поддерживать Императора Фридриха II в борьбе с римским понтификом!). По договору между Тевтонским Орденом и папой 1/3 христианизированных земель передавалась подчиненным папе епископам, а 2/3 оставались во владении Ордена. Так обстояло дело в покоренной тевтонами Пруссии. В Ливонии же епископы (а затем и архиепископы) протестовали против подобной практики, ссылаясь на предшествующий исторический прецедент с Орденом меченосцев, который получал в Лифляндии не 2/3, а всего лишь 1/3 завоеванных земель. Протест князей церкви был удовлетворен римской курией. Папа заставил «Дом Святой Марии Тевтонской в Ливонии» признать, по примеру прежних меченосцев, свою ленную зависимость от рижского архиепископа. Более того! В соответствии с установившейся со времен меченосцев традицией, рижский архиепископ отныне получал 2/3, а Орден лишь 1/3 покоренных земель – впрочем, это касалось лишь завоеваний в собственно Ливонии (территории, населенной племенами ливов, а также латгалов и леттов – предков современных латышей) и Земгалии (Семигалии). В Курляндии (населенной языческим племенем куронов, или куршей) епископ имел право претендовать на 1/3, а Орден – на 2/3 завоеванных земель (как в Пруссии). Взаимные претензии между церковными и орденскими властями в этом и других вопросах послужили основной причиной длительных и многочисленных конфликтов между христианами в Прибалтийском крае, вылившихся, в конце концов, в форменную «войну всех против всех» и полное отсутствие внутриполитической стабильности в данном регионе, что ослабляло его перед лицом внешней угрозы. В ходе христианизации и освоения прибалтийских земель к XVI в. на территории будущих Эстляндской, Курляндской и Лифляндской губерний Российской Империи сложился целый ряд вполне самостоятельных духовных княжеств:
1)архиепископство Рижское,
2)епископство Дерптское (Дерпт=Юрьев=Тарту),
3)епископство Эзель-Викское (Эзель=о. Сааремаа),
4)епископство Курляндско-Пильтенское,
которым фактические противостоял «Дом Святой Марии Тевтонской в Ливонии». Каждое из этих феодальных мини-государств имело свои знамена, печати и эмблемы. Самым обширным из государственных образований в Ливонии (как обычно обобщенно именовалась вся Восточная Прибалтика) был местный филиал Тевтонского орденского государства, пользовавшийся наибольшей самостоятельностью и наибольшим влиянием во всем Балтийском крае. Если во времена Ордена меченосцев носителем высшей власти на христианизированных прибалтийских землях считался Рижский епископ, то после включения остатков этого Ордена в состав Тевтонского орденского государства положение кардинальным образом изменилось. В 1226 г. тевтонский Верховный Магистр Герман фон Зальца получил от Императора Фридриха II Гогенштауфена грамоту на владение Пруссией (еще не завоеванной) и «всех других земель, которые Ордену удастся, с Божьей помощью, завоевать». А в 1234 г. папа римский Григорий IX официально взял все владения Тевтонского Ордена под защиту папского престола. Вероятно, имелись в виду орденские владения в Пруссии. Но после распространения власти Тевтонского Ордена на бывшие владения меченосцев в Ливонии, Верховные Магистры тевтонов стали истолковывать содержание папской грамоты «расширительно», утверждая, что и орденские земли в Ливонии также попадают под юрисдикцию папских грамот. Рижская епископская кафедра, разумеется, никак не могла согласиться с подобным «расширительным» толкованием и вступила с Орденом в ожесточенную борьбу, бомбардируя Рим непрерывными жалобами на дерзость, наглость и самоуправство тевтонских рыцарей. В этой борьбе папский престол старался лавировать, не принимая однозначно сторону ни того, ни другого жалобщика. В 1245 г. рижский (упорно именовавший себя на печатях и в документах «ливонским»!) архиепископ был возведен папой в сан «Архиепископа Ливонского, Эстонского и Прусского» (а в 1255 г. дополнительно утвержден папой в сане Архиепископа Рижского). Но это «повышение» нисколько не снизило накала борьбы за лидерство в регионе. В 1347 г. «Дом Святой Марии Тевтонской в Ливонии» был – папской буллой! – освобожден от всякой ленной зависимости от рижского архиепископа. А с конца XIV в. он – параллельно с общим усилением Тевтонского Ордена, достигшего пика своего могущества в Пруссии и Прибалтике – стал фактически хозяином и вершителем судеб всего Прибалтийского края (хотя рижская кафедра, по старой памяти, еще долго оказывала сопротивление непомерно возраставшему могуществу тевтонов). Со временем руководство Ордена в Ливонии добилось положения, при котором даже епископы в соседние (не орденские!) епархии назначались только из числа тевтонских «братьев-священников» (т.е. «инкорпорация»).
