Эмоциональная напряженность, вызванная эротическими переживаниями, продолжала сохраняться и нашла отражение в его лирике, становившейся все более и более зрелой. За исключением очень немногих стихотворений (таких как «Сухие, редкие, нечаянные встречи…»), его любовная поэзия лишена конкретно гомоэротического характера, ибо в подавляющем большинстве случаев пол адресата установить невозможно, или же им предполагается женщина по вполне понятным причинам, поскольку до появления Михаила Кузмина откровенно гомосексуальных произведений, как поэтических, так и прозаических, в русской литературе практически не существовало. Не вызывает, однако, сомнений, что по крайней мере в ряде стихотворений Апухтина, обращенных по форме к женщине, отразились его влюбленности в юношей, но это положение не может быть с точностью доказано без привлечения биографических документов и подробного стиховедческого анализа. Тем не менее есть основания считать, что поэт — в отличие от своего друга-композитора — был способен испытывать очень пылкие и при этом эротически окрашенные чувства к женщинам, в первую очередь к певице Александре Панаевой, которой он посвятил стихи, исполненные подлинной страсти (например, «Я ее победил, роковую любовь»). Считается даже, что она «была предметом многолетней неразделенной любви поэта». Насколько это было так, и в какой мере сочетались в его обожании ее поэтический миф, платонический пафос и чувственное желание, судить трудно. В любом случае, оно представляется много глубже кисло-сладкого романа Чайковского с другой певицей — Дезире Арто. Не забудем, однако, что в 1885 году Панаева вступила в брак с молодым другом Апухтина — Георгием Карцовым (двоюродным племянником братьев Чайковских), к которому он также был неравнодушен. Создавшаяся коллизия должна была в нем породить целую гамму эмоций, отчасти отразившуюся в его творчестве, не без влияния «своего рода культа» Панаевой-Карцовой, царившего в его ближайшем окружении. Чайковский посвятил ей Семь романсов (оп. 47).
Основные интонации, возникшие еще в юношеские годы, не исчезли из поэзии Апухтина до самого конца: душевные терзания, пристальный самоанализ, одиночество, ностальгия по прошлому, сплин. К этому добавились религиозные поиски, связанные с конфликтом плоти и духа и вызывающие в памяти аналогичные метания Петра Ильича. Сам поэт выразился о таком состоянии афористично:
Об этом же — быть может, вершинная его поэма «Год в монастыре» (1883). В конце 1880-х он приступил к работе над широко задуманным романом «без всякой тенденции», к сожалению, оставшимся незаконченным; за ним последовали две повести из современного быта и философско-фантастический рассказ, с успехом читавшиеся им в светских салонах. Проза Апухтина, впервые опубликованная после его смерти, выдает настоящего мастера, умного наблюдателя, точно описавшего формы людских отношений в различных кругах общества, равно как и перипетии любви между мужчиной и женщиной. Она не случайно вызвала восхищение Михаила Булгакова: «Апухтин — тонкий, мягкий, ироничный прозаик. <…> Какой культурный писатель!»
Узнав, что Чайковский удостоен звания почетного доктора Кембриджского университета и едет в Англию на торжественную церемонию, Апухтин написал стихотворение «К отъезду музыканта-друга», в котором подводит своеобразный итог их многолетним отношениям:
