В последующие годы открытое активное наступление против церкви сменилось негласным, но жестким административным преследованием духовенства и верующих. Свободно трактуя шестьдесят восемь пунктов Постановления от 8 апреля 1929 года, превышая свои полномочия при закрытии церквей, местные власти продолжали вести борьбу под различными «благовидными» предлогами: старые, обветшавшие или «находящиеся в антисанитарном состоянии здания» церквей, отсутствие страхования, неуплата налогов и других многочисленных поборов выставлялись как достаточные основания для оправдания действий властей. Лишенные гражданских прав и духовного влияния, без возможности зарабатывать на жизнь, подведенные под категорию «паразитические элементы, живущие чужими доходами», некоторые служители культа вынужденно превращались в «бродячих попов», ведущих подпольную жизнь вне общества. Кроме того, внутри самой церкви возникло сектантство: так, не согласные с верноподданнической политикой митрополита Сергия, часть верующих откололась от официальной церкви, особенно в Тамбовской и Воронежской областях.
Например, прихожане Алексея Буя, епископа из Воронежа, арестованного в 1929 году по причине его непримиримого отношения к идее любого компромисса церкви с государством, организовали свою собственную, «Истинно православную церковь» с собственным духовенством, часто «бродячим», отступившим от церкви, послушной митрополиту Сергию. Адепты «раскольнической церкви», у которых не было собственных культовых зданий, собирались на моление в самых различных местах: в частных домах, в пустынных местах, в пещерах. Эти «истинно православные христиане», как они себя называли, подвергались усиленным репрессиям; тысячи из них были арестованы и отправлены на спецпоселение или в лагеря. Что касается Православной церкви в целом, то число служителей и мест проведения служб сильно уменьшилось под постоянным давлением властей, несмотря на то, что перепись населения 1937 года, позднее засекреченная, показала наличие 70 % верующих в стране. На 1 апреля 1936 года в СССР оставалось только 15 835 действующих православных церквей (28 % от числа действовавших до революции), 4830 мечетей (32 % от числа дореволюционных) и несколько десятков католических и протестантских храмов. При перерегистрации служителей культа их число оказалось равным 17 857 вместо 112 629 в 1914 году и около 70 000 в 1928 году. Духовенство стало, согласно официальной формуле, «осколком умирающих классов».
Кулаки, «спецы» и представители духовенства были не единственными жертвами «антикапиталистической революции» в начале 30-х годов. В январе 1930 года власти начали кампанию по искоренению «частного предпринимательства». Эта операция была направлена против торговцев, ремесленников, а также многих представителей свободных профессий, в целом их было зафиксировано около полутора миллионов. Во времена НЭПа они весьма мирно трудились в «частном секторе». Эти предприниматели, частный капитал которых в торговле не превышал 1000 рублей (98 % из них вообще не использовали наемных работников), были мгновенно лишены возможности продолжать свою деятельность из-за увеличения налогообложения в десять раз. Они подверглись конфискации имущества как «деклассированные, паразитические или «социально чуждые элементы», были лишены всех гражданских прав как представители «бывших» или как «члены прежнего класса имущих и царского аппарата». Постановление от 12 декабря 1930 года зафиксировало более 30 категорий лишенцев: бывших землевладельцев, бывших торговцев, бывших кулаков, бывших дворян, бывших полицейских, бывших царских чиновников, бывших «владельцев частных предприятий», служителей культа, монахов, монахинь, бывших членов оппозиционных политических партий, бывших белых офицеров и т. д. Дискриминационные меры, жертвами которых стали лишенцы, представлявшие в 1932 году 4 % избирателей, составлявшие вместе с семьями 7 миллионов человек, не ограничивались лишением избирательных прав. В 1929–1930 годах их лишили права на жилье, на медицинское обслуживание и на продуктовые карточки. В 1933–1934 годах были приняты еще более строгие меры, возникшие в ходе операций по паспортизации, направленных на чистку городов от «деклассированных элементов».
