Однако вскоре лагерь безоговорочных сторонников ВЧК одержал верх. На его стороне выступили такие партийные светила, как Свердлов, Сталин, Троцкий и, конечно, Ленин. Последний решительно встал на защиту организации, «подвергшейся, за некоторые свои действия, несправедливым обвинениям со стороны ограниченной интеллигенции, (…) неспособной взглянуть на вопрос террора в более широкой перспективе». 19 декабря 1918 года по предложению Ленина ЦК партии постановил: «На страницах партийной и советской печати не может иметь место злостная критика советских учреждений, как это имело место в некоторых статьях о деятельности ВЧК, работы которой протекают в особо тяжелых условиях». На этом с дебатами было покончено. «Вооруженная рука пролетарской диктатуры» получила «индульгенцию», свидетельство непогрешимости. Как сказал Ленин, «хороший коммунист всегда и хороший чекист».
В начале 1919 года Дзержинский добивается в Центральном Комитете партии создания специального отдела ВЧК, которому поручаются вопросы военной безопасности. 16 марта 1919 года Дзержинский был назначен народным комиссаром внутренних дел, оставаясь председателем ВЧК. Он проводит реорганизацию милиции и вспомогательных войск (железнодорожной милиции, продовольственных отрядов, пограничной стражи, боевых рот ЧК), разделенных до того времени между разными ведомствами. В мае 1919 года все они объединяются в особый корпус — Войска внутренней охраны республики (ВОХР), выросший до 200 000 человек к 1921 году. Этим войскам поручалась охрана концентрационных лагерей, железнодорожных станций и других стратегических пунктов, они осуществляли реквизиции и, разумеется, подавление крестьянских восстаний, вызванных этими реквизициями, рабочих волнений и мятежей в Красной Армии. Специальные части ЧК и Войска внутренней охраны республики — в общем и целом почти 200 000 человек — представляли собой мощный инструмент контроля и подавления; это была поистине армия внутри страдавшей от дезертирства Красной Армии, которая, хотя и считалась теоретически весьма многочисленной (от 3 до 5 миллионов человек), в действительности никогда не могла выставить более 500 тысяч вооруженных солдат.
В одном из первых декретов нового Наркомвнудела подводилась юридическая база под существование концлагерей, устанавливались принципы их организации, которые существовали с лета 1918 года без какой-либо регламентирующей юридической базы. В декрете от 15 апреля 1919 года проводилось различие между двумя типами лагерей: принудительно-трудовыми лагерями, куда попадали лица по приговорам трибуналов, и концентрационными, предназначенными, главным образом, для заложников (в этом случае было достаточно простого административного решения). На деле же разница между двумя типами была чисто теоретическая, что доказывает дополнительная инструкция от 17 мая 1919 года. Эта инструкция, помимо создания в каждой губернии по меньшей мере одного лагеря с минимальной вместимостью на триста мест», предусматривала шестнадцать категорий заключенных. Среди них фигурировали такие разные категории, как «заложники из кругов высшей буржуазии», «чиновники старого режима от коллежского асессора, прокуроры и их помощники, городские головы и исправники», лица, осужденные при советской власти за такие преступления, как тунеядство, сводничество, проституция», «дезертиры и солдаты, взятые в плен во время гражданской войны» и т. д.
Число заключенных как в трудовых, так и в концентрационных лагерях, постоянно росло в течение 1919–1921 годов: от приблизительно 16 000 в мае 1919 года до 70 000 в сентябре 1921 года. Но при этом не принимаются в расчет лагеря, созданные непосредственно в зоне восстаний против советской власти: только в одной Тамбовской губернии к лету 1921 года насчитывалось семь подобных лагерей, предназначенных для репрессий против восставших крестьян. В них содержалось по крайней мере 50 000 «бандитов» и членов их семей, взятых в заложники.
