Третьим центром противостояния большевиков и крестьян оставалась в 1920 году Украина, доставшаяся большевикам после поражения армии Деникина. Глубинные сельские местности Украины тем не менее все еще находились под контролем сотен больших и малых отрядов зеленых или формирований, в разной степени связанных с армией Махно. В отличие от «черных орлов» России, украинские зеленые, чьи отряды состояли в основном из дезертиров, были хорошо вооружены. Летом 1920 года в армии Махно насчитывалось около 15 тысяч пехоты, 2500 кавалеристов, сотня пулеметов, 20 орудий и два бронепоезда. Сотни более мелких «шаек» численностью от нескольких десятков до нескольких сотен бойцов каждая также оказывали сильное сопротивление большевикам. Для «ликвидации бандитизма на Украине» правительство назначило в мае 1920 года Дзержинского начальником тыла Юго-Западного фронта. Более двух месяцев Дзержинский оставался в Харькове, создав 80 специальных частей ВОХР — отборные войска, оснащенные кавалерией, чтобы преследовать «мятежников», и авиацией, чтобы бомбить «бандитские гнезда». Перед ними была поставлена задача в три месяца покончить с крестьянским партизанским движением. На деле же борьба затянулась на два с лишним года, с лета 1920 по осень 1922 года, и стоила десятков тысяч жертв.
Среди различных эпизодов войны, которую большевики вели против крестьянства, расказачивание, т. е. устранение казаков Дона и Кубани как социальной группы, занимает особое место. В самом деле, впервые новый режим предпринял ряд карательных мер, чтобы устранить, уничтожить, выслать, следуя принципу коллективной ответственности, все население территории, именовавшейся на лексиконе большевистских вождей «советской Вандеей». Эта операция не была ответной мерой, предпринятой в разгаре сражений; она была спланирована заранее, стала предметом многочисленных распоряжений, отданных на самом высоком государственном уровне многими ответственными лицами в большевистском руководстве (Ленин, Орджоникидзе, Сырцов, Сокольников, Рейнгольд)[18]. Расказачивание, неудавшееся с первой попытки весной 1919 года ввиду отступления большевиков, возобновилось с новой силой в 1920 году, когда большевики вернулись на казачьи земли Дона и Кубани.
В декабре 1917 года большевики лишили казаков того статуса, который существовал при старом режиме; в глазах большевиков они представляли собой «кулаков» и, стало быть, являлись «классовыми врагами». Отказавшись от первоначального нейтралитета, казаки под знаменами атамана Краснова присоединились к белым силам, собиравшимся на юге России весной 1918 года. Только в феврале 1919 года во время генерального наступления большевиков на Украине и юге России первые части Красной Армии вышли к станицам донских казаков. Прежде всего большевики предприняли меры по упразднению всего, что составляло специфику казачества: казачьи земли были конфискованы и переданы в пользование поселенцам из России и местным крестьянам, не имевшим статуса казаков; казаки обязаны были под угрозой смертной казни сдать все оружие (согласно своему статусу защитников Российской империи все казаки имели право на ношение оружия); все окружные и станичные органы самоуправления были распущены.
Эти шаги были частью заранее составленного плана расказачивания, определенного в секретной резолюции ЦК партии большевиков от 24 января 1919 года: «Учитывая опыт гражданской войны против казачества, признать единственным правильным политическим ходом массовый террор против богатых казаков, истребив их поголовно. Провести беспощадный массовый террор по отношению ко всем вообще казакам, принимавшим какое-либо прямое или косвенное участие в борьбе с Советской властью».
На деле же, как признавал в июне 1919 года председатель Донского ревкома Рейнгольд, на которого была возложена задача «навести большевистский порядок» на казачьих землях, «у нас была тенденция проводить массовое уничтожение казачества без малейшего исключения». В течение нескольких недель с середины февраля до середины марта большевистские отряды уничтожили более восьми тысяч казаков. В каждой казачьей станице революционным трибуналам требовались минуты, чтобы просмотреть списки подозреваемых; как правило, всех их приговаривали к «высшей мере» за «контрреволюционное поведение». Перед лицом такого разгула репрессий казакам ничего не оставалось, как поднять восстание.