Обычная деятельность ОПТУ с ее ежегодным «уловом» в несколько тысяч заключенных, приговоренных к лагерным работам или ссылке под надзор, не исключала при этом проведения широкомасштабных операций по подавлению всякого рода выступлений. В течение спокойных лет НЭПа с 1923 по 1927 год граничащие с Россией республики Закавказья и Средней Азии стали местом наиболее масштабных и кровавых репрессий. Эти регионы, в большинстве своем яростно сопротивлявшиеся русским завоеваниям еще в XIX веке, были завоеваны и подавлены большевиками: Азербайджан — в апреле 1920 года, Армения — в декабре 1920 года, Грузия — в феврале 1921 года, Дагестан — в конце 1921 года, а Туркестан с Бухарой — осенью 1920 года. Завоеванные, они продолжали оказывать сильнейшее сопротивление «советизации». «Мы держим под контролем только центральные города или скорее центры центральных городов», — писал в январе 1923 года Петерс, полномочный представитель ОГПУ в Туркестане. С 1918 года до конца 1920-х годов, а в некоторых регионах до 1935–1936 годов, большая часть Средней Азии, за исключением отдельных городов, удерживалась басмачами. Название басмачи[25] применялось русскими по отношению как к оседлым, так и к кочевым народам, защищавшим свою территорию, — узбекам, киргизам, туркменам, — действовавшим независимо друг от друга во многих областях.
Главный очаг восстания находился в долине Ферганы. После завоевания Ферганы Красной Армией в сентябре 1920 года началось большое восстание, охватившее восточные и южные регионы бывшего Бухарского эмирата и северные области туркменских степей. В начале 1921 года, по оценке штаба Красной Армии, в нем участвовало около 30 000 вооруженных басмачей. Состав руководителей басмаческого движения был неоднородным, в него входили почетные лица кишлака или клана, представители мусульманского духовенства, а также националисты и даже иностранцы, как, например, Энвер-паша, бывший военный министр Турции, убитый при столкновении с отрядом чекистов в 1922 году.
Движение басмачей было стихийным восстанием, поднявшимся против «неверных», против «русского угнетателя» — старого врага с новым лицом, стремившегося не только заполучить их земли и скот, но также лишить их мусульманской веры. Война по «усмирению» восставших была по сути «колониальной войной». Борьба против басмачей мобилизовала на десять лет значительную часть армии специальных войск ОПТУ, одним из главных отделов которой был восточный. И в настоящее время невозможно даже приблизительно оценить количество жертв этой войны.
Второй большой сектор восточного отдела ОПТУ занимался Закавказьем. В первой половине 20-х годов Дагестан, Грузия и Чечня были более всего затронуты репрессиями. Дагестан противостоял советскому проникновению вплоть до конца 1921 года. Под руководством шейха Узуна-хаджи мусульманское братство Нахбандиса возглавило большое восстание горцев, и борьба приняла характер священной войны против русских захватчиков, длившейся больше года. Некоторые регионы так и не удалось смирить даже ценой массированных бомбардировок и жертв среди гражданского населения, покорились они только в 1923–1924 годах.
