Как свидетельствуют еженедельные сводки политической полиции, кампания по изъятию церковных ценностей, достигшая своего апогея в марте, апреле и мае 1922 года, вызвала 1414 зарегистрированных инцидентов и привела к аресту многих тысяч священников, монахов и монахинь. Церковные источники приводят другие данные: 2691 священник, 1962 монаха, 3447 монахинь были убиты в 1922 году. Правительство организовало многочисленные судебные процессы над служителями Церкви в Москве, Иваново-Вознесенске, Шуе, Смоленске, Петрограде. С 22 марта, через неделю после событий в Шуе, Политбюро наметило, согласно указаниям Ленина, ряд мер: «Синод и патриарха арестовать не сейчас, но через две-три недели. Обнародовать обстоятельства событий в Шуе. Провести через неделю судебный процесс над священниками и мирянами Шуи. Зачинщиков приговорить к расстрелу». В записке Политбюро Дзержинский указывал:
«Патриарх и его банда (…) открыто противодействуют изъятию церковного имущества. (…) Сейчас уже более чем достаточно оснований для ареста Тихона и наиболее реакционных членов Синода. ГПУ полагает что:
1) арест Синода и патриарха вполне своевременен;
2) избрание нового синода не должно быть допущено;
3) всякий священник, сопротивляющийся изъятию церковных ценностей, должен быть отнесен к врагам народа и отправлен в наиболее пострадавшие от голода районы Поволжья (…)».
В Петрограде 76 священников и мирян были приговорены к заключению в лагерь, а четверо: митрополит Вениамин, очень популярный в народе, всегда стремившийся оградить Церковь от политики; архимандрит Сергий, избранный в 1917 году, бывший член Государственной думы; профессор Новицкий и адвокат Ковшаров — расстреляны. В Москве приговорили к заключению в лагерь 148 священников и мирян, а шестерых расстреляли. Патриарх Тихон был помещен под строгий надзор ГПУ в Донской монастырь в Москве.
Через несколько недель после этих судилищ, 6 июня 1922 года, начался грандиозный открытый судебный процесс, сообщения о котором появились в прессе еще 28 февраля (на следующий день после ареста 34 руководителей партии эсеров). Судили партию эсеров. Подсудимые обвинялись в том, что вели «активные контрреволюционные и террористические действия против советского правительства». Среди этих действий фигурировали такие, как покушение на Ленина 31 августа 1918 года и «политическое руководство» крестьянским восстанием в Тамбовской губернии. Согласно практике, получившей в дальнейшем широкое распространение на процессах 30-х годов, на скамье подсудимых находилась разношерстная группа: руководители партии, среди которых были 12 членов ЦК во главе с Абрамом Гоцем и Дмитрием Донским, и агенты-провокаторы, чья задача была изобличать товарищей по процессу и «исповедоваться в своих преступлениях». Этот процесс позволил также, как пишет Элен Каррер д'Энкос, опробовать следующую «методику обвинений: исходя из точно установленного факта, что с 1918 года эсеры были в оппозиции к большевистскому самодержавию, делается принципиальный вывод, что всякая оппозиция обязательно прибегает, как к последнему средству, к сотрудничеству с международной буржуазией».
В результате этой театрализованной пародии на суд, во время которой власти вывели на сцену многочисленные народные манифестации с требованиями смертной казни для «террористов», 11 руководителей партии эсеров были приговорены 7 августа 1922 года к «высшей мере». Но протесты международной общественности, мобилизованной русскими социалистами-эмигрантами, и опасения, что деревня, где еще жив был «эсеровский дух», опять забунтует, привели к тому, что исполнение приговора было приостановлено с условием, что партия эсеров прекратит свою «подпольно-конспиративную работу и вооруженную борьбу». В январе 1924 года смертные приговоры были заменены на пятилетнее заключение в лагерях. Однако никто из осужденных так и не вышел из этих лагерей на свободу. Все они погибли в середине 30-х годов, когда большевистское руководство уже не беспокоили ни протесты мировой общественности, ни возможность крестьянских волнений.
К процессу эсеров был подготовлен новый Уголовный кодекс, вступивший в действие 1 июня 1922 года. Ленин внимательно следил за разработкой этого кодекса, которому предстояло легализировать насилие по отношению к политическим противникам, ведь та быстрота расправы, которая оправдывалась гражданской войной, теперь официально не могла быть одобрена. Первые наброски, переданные Ленину, вызвали с его стороны замечания, которые он адресовал народному комиссару юстиции Курскому в письме от 15 мая 1922 года:
