Служители культа были приравнены к кулакам: задавленные налогами (которые в 1928–1930 годах возросли в десять раз), лишенные всех гражданских прав, что означало в первую очередь лишение продовольственных карточек и бесплатного медицинского обслуживания, они стали также подвергаться арестам, высылке или депортации. Согласно существующим неполным данным, более 13 тысяч служителей культа были репрессированы в 1930 году. В большинстве деревень и городов коллективизация началась с символического закрытия церкви, «раскулачивания попа». Весьма симптоматично, что около 14 % бунтов и крестьянских волнений, зарегистрированных в 1930-х годах, имели первопричиной закрытие церкви и конфискацию колоколов. Антирелигиозная кампания достигла своего апогея зимой 1929–1930 годов. К 1 марта 1930 года 6715 церквей были закрыты, часть из них разрушена. Однако после знаменитой статьи Сталина «Головокружение от успехов» резолюция Центрального комитета ВКП(б) цинично осудила «недопустимые отклонения в борьбе против религиозных предрассудков» и, в частности, закрытие церквей без согласия прихожан. Это была чисто формальная отговорка со стороны властей, ибо она не имела никакого положительного влияния на судьбы сосланных служителей культа.
В последующие годы открытое активное наступление против церкви сменилось негласным, но жестким административным преследованием духовенства и верующих. Свободно трактуя шестьдесят восемь пунктов Постановления от 8 апреля 1929 года, превышая свои полномочия при закрытии церквей, местные власти продолжали вести борьбу под различными «благовидными» предлогами: старые, обветшавшие или «находящиеся в антисанитарном состоянии здания» церквей, отсутствие страхования, неуплата налогов и других многочисленных поборов выставлялись как достаточные основания для оправдания действий властей. Лишенные гражданских прав и духовного влияния, без возможности зарабатывать на жизнь, подведенные под категорию «паразитические элементы, живущие чужими доходами», некоторые служители культа вынужденно превращались в «бродячих попов», ведущих подпольную жизнь вне общества. Кроме того, внутри самой церкви возникло сектантство: так, не согласные с верноподданнической политикой митрополита Сергия, часть верующих откололась от официальной церкви, особенно в Тамбовской и Воронежской областях.
Например, прихожане Алексея Буя, епископа из Воронежа, арестованного в 1929 году по причине его непримиримого отношения к идее любого компромисса церкви с государством, организовали свою собственную, «Истинно православную церковь» с собственным духовенством, часто «бродячим», отступившим от церкви, послушной митрополиту Сергию. Адепты «раскольнической церкви», у которых не было собственных культовых зданий, собирались на моление в самых различных местах: в частных домах, в пустынных местах, в пещерах. Эти «истинно православные христиане», как они себя называли, подвергались усиленным репрессиям; тысячи из них были арестованы и отправлены на спецпоселение или в лагеря. Что касается Православной церкви в целом, то число служителей и мест проведения служб сильно уменьшилось под постоянным давлением властей, несмотря на то, что перепись населения 1937 года, позднее засекреченная, показала наличие 70 % верующих в стране. На 1 апреля 1936 года в СССР оставалось только 15 835 действующих православных церквей (28 % от числа действовавших до революции), 4830 мечетей (32 % от числа дореволюционных) и несколько десятков католических и протестантских храмов. При перерегистрации служителей культа их число оказалось равным 17 857 вместо 112 629 в 1914 году и около 70 000 в 1928 году. Духовенство стало, согласно официальной формуле, «осколком умирающих классов».
