Кастро использовал Гевару в тактических целях. Когда взгляды их разошлись, Гевара уехал в Боливию. Там он пытался воплотить в жизнь теорию фокизма (от foco — очаг), то есть разжечь очаг партизанской войны, ничуть не считаясь с особой позицией боливийской коммунистической партии. Не найдя поддержки у крестьян — ни один из них не присоединился к его передвижному партизанскому отряду, — одинокий и преследуемый властями, Гевара был схвачен и казнен 8 октября 1967 года.
В армии тоже начинается процесс установления контроля над бывшими повстанцами. В июле 1959 года сподвижник Кастро майор авиации Диас Ланс, уйдя в отставку, отправляется в Соединенные Штаты. Месяц спустя прокатывается первая лавина арестов, начавшаяся под предлогом расстройства планов заговорщиков, готовящих государственный переворот.
Убер Матос еще с 1956 года оказывал помощь находящимся в Сьерре барбудос, организовывал поддержку в Коста-Рике, переправлял для них на личном самолете оружие и боеприпасы, а впоследствии освобождал второй по величине город страны Сантьяго-де-Куба во главе колонны № 9 «Антонио Гутьеррас». Назначенный губернатором провинции Камагуэй, он решительно возражает против «коммунизации» режима и слагает с себя полномочия. Кастро усматривает в его действиях попытку заговора и поручает герою партизанской войны Камильо Сьенфуэгосу арестовать Матоса по обвинению в «антикоммунизме». Не принимая во внимание заслуги этого пламенного бойца, Кастро устраивает над ним «московский процесс в Гаване», лично участвуя в судебной процедуре. Он оказывает мощное давление на суд, заявляя: «Скажу вам прямо. Выбирайте: Матос или я!», и препятствует выступлению свидетелей, готовых дать показания в пользу обвиняемого. Матос приговаривается к двадцати годам тюремного заключения и полностью, до последнего дня, отбывает свой срок. Заключены под стражу и все его близкие.
Лишенные всякой возможности выразить свое мнение, оппозиционные Кастро силы уходят в подполье, к ним присоединяются бывшие вдохновители городского восстания против режима Батисты. В начале 60-х годов подпольная оппозиция трансформируется в повстанческое движение с центром в горах Эскамбрай. Движение возглавили истинные барбудос, выступавшие против осуществляемой диктатурой насильственной коллективизации земли. Стремясь раз и навсегда покончить с мятежниками, Рауль Кастро спешно отправляет на место действия все имеющиеся в его распоряжении военные средства: танки, артиллерию, отряды милиции. В целях подрыва массовой народной поддержки восстания насильственно перемещают семьи крестьян-бунтовщиков. Их переселяют за сотни километров от гор Эскамбрай, на крайний запад острова, в районы табачных плантаций Пинар-дель-Рио. В первый и последний раз кастровский режим прибегает к депортации населения.
Бои продолжались еще в течение пяти лет. Постепенно партизаны оказывались во все большей и большей изоляции и гибли один за другим. Суд над повстанцами и их вожаками был скорым. Гевара воспользовался удобным случаем для расправы над одним из бывших молодых вождей антибатистовской герильи Хесусом Каррерасом, выражавшим несогласие с его политикой еще с 1958 года. Раненного в бою Каррераса притащили к столбу, к которому привязывали расстреливаемых. В помиловании Гевара ему отказал. В Санта-Кларе схвачены и осуждены «бандиты» — 381 человек. В тюрьме Ла-Лома-де-лос-Кочес после победы 1959 года и разгрома партизан с гор Эскамбрай расстреляны свыше тысячи «контрреволюционеров».
После ухода с поста министра сельского хозяйства Умберто Сори Марин пытается создать на территории Кубы очаг вооруженной борьбы. Представ перед военным трибуналом, он осужден на смертную казнь. Его мать умоляет Кастро о помиловании, напоминая о его старинном знакомстве с Сори Марином еще с начала 50-х годов. Кастро обещает спасти жизнь Умберто Сори Марину, однако через несколько дней последнего расстреляли.
Периодически, вслед за партизанскими выступлениями в горах Эскамбрай, совершались попытки высадки на кубинскую землю боевых групп коммандос. Большинство коммандос принадлежало к движению Либерасьон Тони Куэста и к отрядам «Альфа 66», появившимся в начале 60-х годов. Почти все эти выступления, вдохновленные поданным некогда самим Кастро примером, окончились неудачей.
В 1960 году упраздняется несменяемость судей, после чего судьи оказываются под контролем центральной власти. Упразднение принципа разделения властей — одна из характерных черт диктатуры.
