Основной целью Советского Союза было посеять страх, запугать население и отбить у людей охоту оказывать поддержку повстанцам. В том же духе проводились и карательные операции. Обнаженных женщин сбрасывали с вертолетов, а в отместку за смерть одного советского солдата уничтожались целые селения. Вот свидетельства очевидцев:
«13 октября 1983 года, в отместку за нападение на конвой вблизи селения Мушкизе в районе Кандагара, были уничтожены жители селений Колшабад, Мушкизе и Тимур-Калача. Общее число жертв составило 126 человек, в том числе: 40 — в Тимур Калача, или поголовно все жители этого селения, 51 — в Колшабаде и 35 — в Мушкизе. В основном это были женщины и дети: 50 женщин в возрасте от двадцати до тридцати двух лет и 26 детей; все мужчины, узнав о приближении отряда, покинули селения, чтобы избежать призыва на военную службу».
Кроме того, населенные пункты систематически подвергались бомбардировкам, дабы предотвратить контрудары мятежников. Так, 17 апреля 1985 года советские войска стерли с лица земли ряд селений, уничтожив около тысячи жителей, чтобы подорвать тылы сопротивления в районе Лагмана. 28 мая 1985 года советские войска оставили зону Лагман-Кунар и провели «зачистку» населенных пунктов.
При этом систематически нарушались международные конвенции. В ходе бомбардировок советской авиацией сельских районов Афганистана интенсивно применялись напалм и фосфорные зажигательные бомбы. Против гражданского населения также регулярно использовались различные типы токсичных газов. Существуют многочисленные свидетельства о распылении с воздуха в ходе бомбардировок отравляющих веществ возбуждающего и удушающего действия, а также слезоточивых газов. 1 декабря 1982 года было отмечено применение против афганских повстанцев отравляющих веществ нервно-паралитического действия, однако число жертв осталось неизвестно. В 1982 году Государственный департамент США отметил применение биологического оружия — микотоксина. Журнал «Les Nouvelles d'Afghanistan» в декабре 1986 года сообщал:
«Этим летом, судя по всему, советские войска применили в Кандагаре химическое оружие, а согласно журналу «Le Point» от 6 октября 1986 года, использование смертоносных химических веществ отмечалось также в Лагмане».
Одновременно советские войска отравляли токсичными веществами источники питьевой воды, что вызывало гибель людей и домашнего скота. Советское командование приказывало подвергать бомбардировкам селения, где укрывались дезертиры, дабы афганцам неповадно было предоставлять им убежище. То же самое командование направляло афганских солдат разминировать территории и на аванпосты. В конце 1988 года, чтобы «зачистить» основные направления и таким образом подготовить себе пути к отступлению, Советская армия использовала ракеты типа «Скад» и «Ураган». В 1989 году советские войска вновь ступили на путь, опробованный десятью годами раньше, взяв под контроль дороги, дабы застраховаться от атак повстанцев. Накануне окончательного свертывания военных действий советские войска прибегли к новой стратегии: уничтожению беженцев. «Международная амнистия» отмечала:
