В XVI столетии, в царствование московского царя Иоанна Грозного, шведы не раз беспокоили Ладогу и ее окрестности. Вследствие столкновений в 1582 и в 1583 годах не было закончено составление описных книг уездов Новгородского, Ореховского и Ладожского. «Писцы не дописали из-за войны немецких людей 13 погостов, как стояли под Орешком и под Ладогою немецкие люди». Вероятно, на те же разбойничьи набеги в областях Заонежской, на Ладогу и по Двине жаловались русские послы шведам во время съезда 1586 года на реке Плюссе.
В конце царствования Иоанна Грозного Ладога опять видела под своими стенами исконного врага — шведов. Во время нашествия поляков, когда войска Стефана Батория осадили Псков, шведы под предводительством Понтуса Делагарди заняли Нарву, Ямбург и Копорье, побыли под Орешком, а их летучие отряды достигли до Волхова и в 1582 году опустошили ближайшие окрестности Ладоги. Тогда был разорен Николо-Медведевский монастырь, находившийся при устье Волхова. В 1592 году шведы были снова около Ладоги. В переписной книге Софийской вотчины 1592 года читаем: «В нынешнем году, на Рождества Пречистой день, приходили на Сермаксу немецкие люди войной и церкви и крестьянские и бобыльские дворы пожгли». Сермакса в XVI столетии была митрополичье дворцовое село, ныне селение на реке Свири, в 60 верстах от Ладоги.
Всего более пострадала Ладога в начале XVII века, при столкновении России со Швецией в так называемую смутную эпоху.
