Но версию о политическом убийстве все равно исключать нельзя. Он побывал на тбилистской конференции, посетил дом работника наркомзема Гургена Гумедина, затем вернулся в гостевой дом Совета Министров Грузинской ССР. Охранники Хаджаяна рассказывали, что он был найден около 8 или 9 часов вечера в своей комнате, в тбилисской квартире. Стрелялся, предположительно из револьвера. Еще живой он был доставлен в больницу в 10:25 вечера, где была проведена безуспешная операция, и он умер примерно через три часа, в 1:30, 10 июля. Это официальная версия, есть, однако факты указывающие, что он был убит сразу же: в протоколе вскрытия трупа сказано, что он умер 9 июля, поздний приезд скорой также косвенно указывает на это.144 Все эти странности Хрущев много лет спустя использовал для очернения Берии, но даже он не включил эту смерть в свой доклад на XX съезде, понимая, что подобное обвинение против Берии построено на песке. Берии незачем было его убивать, он мог добиться его отстранения от работы. Однако смерть, правда, выглядит странной. Как и смерть в будущем Гололеда, Любченко, его брата. Кому могло быть выгодно все это? Точно не Сталину, смысл в политических убийствах, замаскированных под самоубийство в устранении опасных свидетелей, знавших слишком много о заговорщических группах. Чтобы не знал Хаджаян, он унес это с собой в могилу.
После смерти Хаджаяна, первым секретарем компартии стал Аматуни Аматуни, вторым в качестве переизбранного Степана Акопова, но оба они сами были право-троцкистами и националистами., которые пытались прикрыть свое участие в организации добивая авторитет Хаджаяна .
В сентябре на VII пленум ЦК КП(б) Армении Аматуни был избран первым секретарем, а 2 октября 1936 г. он выступил с докладом перед активом Ереванской парторганизации, где заявил:
