Впрочем, распространению ислама в Западной Африке способствовало не столько насилие, сколько торговля. Транссахарские торговые связи между Африкой и Средиземноморьем оказались теперь в руках мусульманских купцов, так что принятие новой веры стало залогом успешной караванной торговли. Уже к XI в. в столице Ганы существовало особое поселение для мусульман со своей мечетью, ислам надёжно обосновался в долине Сенегала, надгробия исламских правителей появились в городе Гао на Нигере. В XIII столетии ислам принимает император Мали, и по всему течению Нигера теперь ходят лодки мусульманских купцов дьюла и сонгаи, предпочитавших иметь дело только с единоверцами. Приняли новую веру и правители царства Канем на озере Чад, хотя они несколько веков искусственно сдерживали распространение ислама среди своих подданных, чтобы брать с них
Вторым путём проникновения ислама на юг стала долина Нила. Хотя христианское Нубийское царство сумело противостоять арабскому завоеванию, всё больше мусульман селилось на его территории, так что с течением веков ислам завоевал прочные позиции на территории современного Судана. В XIV в. нубийский царь Мукурры и сам принял веру пророка, а вскоре исламизированы были жители практически всей восточной Сахары.
Арабские и персидские купцы, издавна торговавшие на восточных берегах Африки, принесли в эти районы ислам уже в VIII–IX вв. Здесь смешение ближневосточных культур и местных традиций породило уникальную цивилизацию суахили, торговые города которых вскоре усеяли побережье Африки от Сомали до Мозамбика. В таких городах, как Килва, Момбаса, Ламу и Занзибар, строятся мечети и медресе, чеканятся монеты с исламскими религиозными формулами. Однако за пределы этой узкой полоски побережья ислам практически не проник: несмотря на активное проникновение суахилийских купцов в глубь материка, народы саванн Восточной Африки оставались верными своим традиционным религиям. После прихода европейцев они более благосклонно отнеслись к христианству, хотя жители прибрежных городов Кении, Танзании, Мозамбика и сегодня исповедуют ислам.
Легко понять, что именно привлекало и продолжает привлекать африканцев в такой строгой религии, как ислам. В течение веков это было не только ожидание торговых барышей от сделок с богатыми мусульманскими купцами, но и относительная лёгкость принятия ислама новообращёнными. Для того чтобы стать мусульманином, не нужно учить заповеди, читать Евангелие или проходить через процедуры крещения: достаточно лишь трижды произнести заветную формулу. Исполнять требования ислама тоже весьма просто, тем более что многие из них весьма схожи с исконными африканскими традициями. Например, ислам признаёт мужское обрезание и полигамный брак, которые были распространены в Африке задолго до появления первых мусульман. Богослужения в исламе сравнительно просты, а религиозной иерархии вроде христианского епископата не существует. Всё это облегчало усвоение африканскими скотоводами и земледельцами новой религии. Кроме того, в колониальный период ислам, как афро-азиатская религиозная идеология, стал считаться более «своим», чем навязанная колонизаторами «европейская» христианская религия, и сотни тысяч мусульман пришли к новой вере благодаря оппозиции европейским властям. В крупных городах принадлежность к исламу воспринимается как участие в престижном международном сообществе, в отличие от узких традиционных общин, которые в многообразии городского социума часто просто растворяются.