Война еще была в полном разгаре, когда начался пятый этап уничтожения мирного населения, который Снайдер, пользуясь терминологией современной историографии, называет этническими чистками. Этнические чистки направлены на насильственное изгнание (по политическим, стратегическим, идеологическим или другим соображениям) с определённой территории мирных граждан «нежелательной» этнической принадлежности. Осуществляют этнические чистки в самых разных формах: от массового подконвойного переселения «нежелательных» этнических групп в другую местность страны или принудительной их высылки в другое государство до действий, совершаемых с намерением «наказать» какую-либо группу мирного населения как таковую путем массовых расправ, мародерства, грабежей, поджогов, погромов, уничтожения имущества, убийств, надругательств и изнасилований, бессудных расстрелов, интернирования, заключения в трудовые лагеря и т. п.
Послевоенные этнические чистки начались сразу после освобождения Северного Кавказа и Крыма. Проводились они в основном по обвинению в коллаборационизме с немецко-фашистскими захватчиками, распространенному на весь народ. По скорости и брутальности эти чистки ничем не уступали довоенным национальным акциям. Так, за один день 19 ноября 1943 года советские власти депортировали в Казахстан и Киргизию все население Карачаевской АО – более 69000 человек. За два дня (28–29 декабря 1943 года) в Сибирь депортировали без малого 92000 калмыков. В феврале 1944 года Берия во главе стотысячного войска НКВД и девятнадцати тысяч оперативных работников НКВД, НКГБ и СМЕРШа, стянутых со всей страны для участия в «учениях в горной местности», прибыл в Грозный, чтобы собственнолично контролировать депортацию 478479 чеченцев и ингушей в Среднюю Азию и Казахстан. За два дня (8–9 марта 1944 года) туда же депортировали 37000 балкарцев. За три дня (18–20 мая 1944 года) в Узбекистан и прилегающие районы Казахстана и Таджикистана депортировали более 180000 крымских татар, а вслед за ними 37000 «немецких пособников из числа болгар, греков и армян», а также более 3500 жителей, имевших на руках просроченные паспорта иностранных государств: Греции, Турции и Ирана, и около 2000 немцев, не выселенных в 1941 году, а вместе с ними и несколько сотен советских венгров, румын и итальянцев. В августе 1944 года из Грузии в спецпоселения (то есть без права смены места жительства) Казахстана, Киргизии и Узбекистана принудительно выселили 90000 турок-месхетинцев и курдов «за родственные связи с жителями приграничных районов Турции». По статистике НКВД, 144707 этих переселенцев погибло, а сколько людей расстреляли и заживо сожгли за попытку уклониться от переселения – этого НКВД не считало.
Тимоти Снайдер говорит о послевоенных этнических чистках в СССР, но основное внимание уделяет прежде всего этническим чисткам немецкого населения и в странах, перешедших на сторону СССР в конце войны – Румынии и Венгрии, и в Восточной Пруссии, занятой войсками РККА, а затем и в самой Германии, и в послевоенной Польше и Чехословакии, освобожденных армией Советского Союза от гитлеровских оккупантов. Этот этап массовой расправы с мирным немецким населением очень похож на генеральный «план Ост» правительства Третьего рейха по проведению послевоенных этнических чисток на покоренных восточноевропейских территориях. Правда, теперь принудительное изгнание лиц «нежелательной» этнической принадлежности шло в обратном, западном, направлении и касалось как этнических немцев – «фолксдойч», то есть немцев, исторически проживающих за пределами Германии, так и «рейхсдойч» – немцев Германии, а за ними и других этнических меньшинств. Сходство с «планом “Ост”» усугубляется еще и тем, что этнические чистки являлись только частью грандиозного плана передела Европы и ее послевоенного устройства. Отличие заключалось в том, что изгнание немцев во многих местах началось раньше, чем это было санкционировано «большой тройкой» союзников на Ялтинской (4 – 11 февраля 1945 года) и Потсдамской (17 июля – 2 августа 1945 года) конференциях, решавших основные вопросы послевоенного передела Европы между странами-победительницами и мирного обустройства поверженной Германии.