Одной из важнейших задач для митрополита была борьба с расколом. В раскольниках Филофей не принимал их гордыни. Он считал, что староверы слишком превозносят свой ум, но правда – в Писании, а не в «напыщенной мудрости» и «самомнении». Поначалу владыка был непримирим, жаждал притеснений и расправ. В 1702 году он запретил строительство часовен, чтобы старообрядцы не использовали их для своих богослужений, и лишил раскольников права хоронить усопших возле храмов. А в 1703 году владыка просил у Петра дозволения без суда на месте казнить непокорных еретиков и забирать их имущество в казну. (Пётр не разрешил и приказал расследовать все случаи непокорства, а если казнить – то по суду.) В 1704 году Филофей потребовал, чтобы воеводы Черкасские разгромили скиты на реке Ишим. Но Черкасские это требование «ни во что поставили», и упрямый владыка добился, чтобы на строптивых воевод надавил Сибирский приказ; гнездо раскола на Ишиме всё равно было разорено.
А через год по Сибири прокатилась волна бунтов против указа Петра о бритье бород. Раскольники называли бритых «скоблёными рылами», отрезанные бороды прятали за иконами и просили после смерти положить себе в гроб. Протестуя, раскольники даже устраивали самосожжения. Эти яростные восстания произвели на Филофея большое впечатление и остудили пыл владыки. Филофей понял, что бороться с вероотступниками угрозой смерти – жестоко и бессмысленно. Надо искоренять раскол иначе. В 1706 году в Москве Филофей предложил Петру не сжигать старообрядцев как еретиков, а брать с них деньги. Налог на вероисповедание вёл к легализации раскола, и Пётр решится на эту меру только через десять лет.
Деятельный Филофей не нашёл общего языка с тобольским воеводой Черкасским и своей резиденцией сделал не Софийский двор в Тобольске, а Преображенский монастырь в Тюмени. Здесь владыка затеял строительство Троицкого собора (потом монастырь станет называться Свято-Троицким). В 1709 году Филофей тяжело заболел и попросил отпустить его на покой. Добровольная отставка митрополита – очень редкий случай в церковной истории. Филофей готовился к смерти и в своей любимой обители принял схиму под новым именем Феодор. Владыке было 59 лет. Возможно, он думал, что в Сибири у него ничего не получилось. Он и не догадывался, что ещё поднимется со смертного одра и вновь обретёт себя в бурных, богатых событиями и страстями миссионерских странствиях.
Систему государственного администрирования России XVII века можно было бы охарактеризовать как «управляемый хаос». В стране было почти две сотни «субъектов управления» – городов, «разрядов», провинций, уездов и волостей, которые напрямую подчинялись государю, вернее, донельзя запутанной системе из нескольких десятков Приказов. Каждый Приказ ведал определённым кругом вопросов, зачастую объединённых друг с другом совершенно случайно. Такой сложный и громоздкий порядок мог обернуться анархией. Самовластье царя превращалось в самовластье любого мелкого дьячишки или воеводишки, который ни за что не отвечал. Пётр понимал, что нельзя одними руками дёргать за тысячи нитей – но можно скрутить эти нити в несколько прочных канатов и так удерживать на привязи всё государство.
Упорядочить управление требовалось сразу по двум принципам: отраслевому и территориальному. Отраслевой принцип – создание Коллегий (министерств). Территориальный – создание губерний. Пётр решил начать с территорий. 18 декабря 1708 года он издал указ об учреждении восьми больших губерний: Ингерманландской (Санкт-Петербургской), Московской, Киевской, Смоленской, Архангелогородской, Казанской, Азовской и Сибирской. Смысл был в том, чтобы перенести власть на места. Когда воля царя доводится до исполнителей только через несколько недель, невозможно контролировать ситуацию. Пусть нужные решения оперативно принимают губернаторы, а губернаторами надобно назначить самых умных и надёжных сподвижников. Однако следует обязать их править по правилам и время от времени проверять с острасткой, чтобы не распоясались.
Сибирская губерния оказалась самой большой в России. Столицей стал город Тобольск. Губерния делилась на три неравные части. Первая часть – «поморские города»; их было пять, и они жили на правах городов Русского Севера. Вторая часть – Вятка с «пригородами»; здесь тоже было пять городов. Третья часть – девятнадцать «сибирских городов» (среди них Верхотурье, Тюмень, Тобольск, Берёзов, Сургут, Томск, Иркутск и Якутск). Такие города, как Обдорск, Туруханск, Верхоянск, Селенгинск или Албазин, были сочтены острогами, то есть военными поселениями.
В 1710 году Пётр провёл первое собрание губернаторов, на котором обсуждали бюджет, сформированный по данным за 1705–1707 годы. В 1711 году состоялось второе собрание, когда обсуждали результаты изменений и вновь составляли бюджет. Более-менее система губернаторского управления оформилась к 1712 году. Пётр не выдумал её сам, а взял за образец Швецию.
