В первых числах октября в столицу Забайкалья прибыл, наконец, сам Семёнов и первым делом устроил своим подчинённым полный «разбор полётов» за попустительство и чуть ли не пособничество в отношении местных революционных демократов. И это, несмотря на то что его «опричники» на протяжении целого месяца, в буквальным смысле не покладая рук, вылавливали по городу сторонников советской власти, а также лиц, просто сочувствующих левым идеям, причём без какого-либо согласования своих действий с городскими властями, а тем более со следственной комиссией, созданной демократическим самоуправлением сразу же после изгнания большевиков и наделённой функциями прокурорского надзора за производившимися арестами. И, тем не менее, начальник читинского гарнизона генерал-майор Мисюра за недоработки по данному вопросу был отправлен атаманом в отставку, а на его место назначен полковник И. Шемелин.
Следом «полетела голова» генерала Шильникова — того самого, который вместе с Семёновым и Таскиным вошёл в апреле во Временное Забайкальское правительство. Его не только отстранили от должности, но и посадили под арест. Формальным поводом чему послужило якобы то обстоятельство, что генерал в мае месяце отдал неоправданный и преждевременный приказ об отводе семёновских частей за реку Онон, спровоцировав тем самым моральное разложение личного состава, повлекшее за собой провал всей весенней военной кампании, ни больше и ни меньше. Вместе с тем истинная причина опалы состояла в том, что Шильникова заподозрили, как ни странно, в «симпатиях к социалистам». Так, по сведениям семёновской контрразведки, вечером 1 октября генерал вместе с правительственным комиссаром Флегонтовым присутствовал на собрании педагогического коллектива первой женской гимназии, охарактеризованном особистами, по меньшей мере, как несанкционированный митинг оппозиции. Более того, после завершения собрания Шильников уехал вместе с социалистом Флегонтовым в одном экипаже. Этого, как оказалось, было вполне достаточно, для того чтобы заподозрить генерала в сочувствии к красным и посадить под арест.
На самом же деле всё обстояло немного иначе. Руководство женской гимназии, как и многих других учебных заведений города, сильно обеспокоили факты многочисленных арестов преподавателей, осуществлявшиеся особо ретивыми семёновскими подручными на основании самых даже незначительных подозрений в связях учителей с большевиками[291]. Поэтому педколлектив гимназии пригласил генерала Шильникова и комиссара Флегонтова на своё общее собрание для того, чтобы от имени педагогов (или, как тогда говорили, — учащих) всего города попросить столь ответственных должностных лиц принять, наконец, хоть какие-то меры против такого произвола. В противном случае, как заявили преподаватели, скоро уже просто некому будет учить детей; учить — разумному, доброму, вечному, а не только — стрельбе и хождению строем. И, видимо, преподаватели нашли понимание, ибо буквально на следующий же день Антона Флегонтова… арестовали, а после прибытия в Читу Семёнова и генерал Шильников подвергся той же участи.
По завершении данных мероприятий вся — не только военная, но и гражданская власть в городе приказом Г.М. Семёнова была передана в руки нового начальника читинского гарнизона полковника И. Шемелина. Полковник[292] Семёнов в это время официально числился командиром 5-го Приамурского корпуса Сибирской армии (приказы от 6-го и 10 сентября командующего Сибирской армией генерала П.П. Иванова-Ринова) с подчинением ему частей Забайкальского, Амурского и Уссурийского казачьих войск вот и всё. Но атаман, видимо, посчитал, что имеет право на нечто большее, чем только командовать казачьими войсковыми соединениями.