Головачёв после своей отставки оказался почти в полном забвении у колчаковского правительства. В условиях, когда у последнего довольно сносно шли дела на противобольшевистском фронте, в поддержке со стороны местной политической элиты оно особенно не нуждалось. Однако, как только наступление белых армий стало сильно пробуксовывать, а в тылу развернулось настоящая партизанская война, Колчак вспомнил опять о сибирских областниках из числа тех, кто ещё оставался лояльным к его правительству среди них оказался и Головачёв. 4 мая 1919 г. в Омске было созвано совещание группы автономистов под председательством известного красноярского областника Николая Козьмина, а уже через месяц, 5 июня, делегацию от этого совещания, в которую входил и Мстислав Головачёв, принял сам верховный правитель.
Данной группе общественных деятелей адмирал Колчак поручил составить проект положения об автономном устройстве Сибири, основной целью которого являлось создание при действующих властных структурах выборных органов с совещательными функциями. И это в то время, когда умеренная оппозиция, к которой примкнула большая часть сибирских областников, настаивала уже на срочном созыве Земского собора с законодательными полномочиями. Таким образом, проект Н.Н. Козьмина, в разработке которого принял участие и Головачёв, напоминал мёртворождённое дитя и, соответственно, не был принят передовой сибирской общественностью, нацелившейся к тому времени уже на создание не зависимой, как от колчаковского правительства, так и от советской России, Сибирской лево-демократической республики. Последний вариант, в свою очередь, оказался неприемлемым для правых областников, в том числе и для Мстислава Головачёва, которые, как следствие, осудили обе попытки вооруженного выступления, предпринятые земской оппозицией сначала (в ноябре 1919 г.) во Владивостоке, а потом (в декабре того же года) в Иркутске.
После разгрома белых войск на территории Сибири Мстислав Петрович перебрался на Дальний Восток. Там он сначала читал лекции в качестве опять внештатного преподавателя на сей раз в Дальневосточном университете, а в мае 1921 г. его пригласили на должность министра иностранных дел во Временное Приамурское правительство братьев С.Д. и Н.Д. Меркуловых. В октябре следующего 1922 г. он занял тот же пост в кабинете министров А.В. Сазонова, вокруг которого сплотилась небольшая группа как правых, так и левых сибирских областников, именовавших себя «Советом уполномоченных организаций автономной Сибири» (СУОАС) и категорически не желавших мириться с властью большевиков. Это очередное Сибирское правительство было создано за несколько дней до вступления частей Красной армии во Владивосток и проработало в общей сложности не больше недели, и, тем не менее, факт его существования отнесён историками в разряд абсолютно достоверных научных истин.
Правда, некоторые специалисты, занимающиеся данной тематикой, создание правительства во главе с Сазоновым и Головачёвым трактуют не иначе как очередную (неудачную) попытку правых кругов добиться под новый проект приостановки эвакуации японских войск с территории русского Дальнего Востока в целях продолжения борьбы с Советами. Другие представляют события с 20-го по 25 октября 1922 г. во Владивостоке совершенно иначе. С их точки зрения, в условиях, когда ввиду приближения к городу частей Красной армии и отрядов дальневосточных партизан всё бывшее гражданское и военное руководство Приамурской республики стало в панике погружаться на корабли, лишь сибирские областники нашли в себе мужество и силы для того, чтобы обеспечить хоть какой-то государственный порядок. В частности, им удалось получить от японцев расписки о вывозе за пределы страны русского золота на несколько миллионов рублей, хранившегося во владивостокских банках.
Эти ценные бумаги были сохранены министром финансов сазоновского правительства Валерианом Моравским. В августе 1923 г. он вместе с Мстиславом Головачёвым пытался вытребовать у японского правительства часть вывезенных из России денег на нужды эмигрантского сибирского освободительного движения. Но случилось несчастье: во время очередного землетрясения, кои, как известно, довольно часто происходят в Стране восходящего солнца, обрушилась гостиница, где проживали сибирские областники, сами они, к счастью, не пострадали, но вот все подлинники банковских документов с расписками оказались безвозвратно потерянными. Ни единого рубля из 250 миллионов (старыми) вытребовать так и не удалось, не помог даже суд.