Самый знаменитый заключенный – бывший император Иван Антонович, живший в Шлиссельбургской крепости в 1756–1764 годах. Содержали этого «безымянного колодника» с большой строгостью. Охрана была усилена после того, как в 1762 году началось дело Хрущова и братьев Гурьевых, обвиненных в намерении возвести Ивана на престол. Бывший император жил в отдельной казарме под охраной воинской команды во главе с офицерами, которые находились в непосредственном подчинении начальника Тайной канцелярии. Узник безвыходно пребывал в камере. Окна ее не были забраны решетками, но их тщательно закрывали и замазывали белой краской, свечи в казарме горели круглосуточно. Ивана Антоновича держали без оков, спал он на кровати с бельем, в камере стояли стол и стулья. Узник имел цивильную, неарестанскую одежду и, возможно, книги духовного содержания. Ни на минуту его не оставляли одного – караул из нескольких солдат постоянно сидел с ним в камере. Дежурный офицер жил в соседней комнате и обедал за одним столом с узником. Кроме внутреннего караула снаружи был особый внешний караул. На время уборки, которую делали приходившие из крепости служители, секретного арестанта отводили за ширму.
В 1763 году, после приезда в Шлиссельбург Екатерины II, караульные офицеры Данила Власьев и Лука Чекин получили новую инструкцию. Согласно ей, они получали право убить узника, если кто-то попытается освободить его. Такая попытка и произошла в августе 1764 года. Когда в ночь с 4 на 5 августа подпоручик Мирович с солдатами пытались захватить казарму, в которой сидел Иван Антонович, Власьев и Чекин умертвили узника.
Главным узилищем для государственных и других опасных преступников был Секретный дом во дворе Шлиссельбургской крепости, где, в частности, сидели «отставной поручик Новиков» и его друг доктор Багрянский. Узников Секретного дома содержали строго по инструкции. В ней предписывалось держать имя арестанта в секрете, узник находился в полной изоляции от других заключенных и посетителей, охране строго запрещалось разговаривать с ним. На довольствие узника полагалось 20–30 коп. в сутки. Камеры обыскивали и у заключенных отбирали запрещенные или подозрительные предметы и особенно бумагу и перья. Начальник охраны регулярно писал отчеты на имя коменданта или старшего начальника, а тот периодически (раз в квартал или в полгода) рапортовал о поведении и разговорах узника «из подозрительного» в Петербург, нередко прямо генерал-прокурору или кому-то из высших должностных лиц империи.
В более удобных условиях находились присланные в крепость «
Из прочих крепостных тюрем особенно известны тюрьмы в Выборгской и Кексгольмской крепостях. В первой содержался Феофилакт Лопатинский (1739–1741), а во второй жили обе жены Емельяна Пугачева и трое его детей. В. В. Долгорукого в 1732 году заточили в Ивангород, а С. Ф. Апраксина в 1757 году – в Нарву. Под тюрьму постоянно использовали и крепость Динамюнде под Ригой, где несколько месяцев содержали Брауншвейгское семейство, а в конце ХVIII века – две сотни духоборов и скопцов. Арсений Мациевич был посажен в 1767 году в Ревельскую крепость под именем «мужика Андрея Бродягина» (потом Екатерина II переименовала его в «Андрея Враля»).
